鋼之鍊金術師

#1 向太陽挑釁之人 為追求蘊藏著強大力量的『賢者之石』，而持續旅行的愛力克兄弟。哥哥愛德華，是史上最年少獲得國家鍊金術師資格的天才鍊金術師。弟弟阿爾馮斯，雖然外表是壯碩盔甲姿態，事實上是個非常溫柔體貼的少年。來到東方邊境的小鎮．里歐爾的兩人，在那裡他們目擊了自稱為太陽神雷特代理人，柯奈洛教主的『奇跡之術』。

#2 禁忌的身體 因事關『賢者之石』，愛力克兄弟在里歐爾教會的秘密地下室與柯奈洛教主對決。但是，卻遭到察覺教主有危機的雷特教信徒們打斷。雖然兩人逃到街上，但卻被信仰深厚的里歐爾鎮民發現並包圍。因『奇跡之術』而動起來的雷特神像，致使阿爾被破壞、愛德被逮捕，並且被拖往柯奈洛的面前。

#3 母親… 在旅途中順路繞進的街角舊書店裡，找到了鍊金術入門書的愛德和阿爾。回想起了閱讀這本書學習時的往事。那是二人還很幼小，在故鄉利賽布爾村生活時的事。他們想看到母親開心的笑容，為了這個單純的心願，兩人開始爭相學習鍊金術…

#4 愛的鍊成 為了成為國家鍊金術師，愛力克兄弟離開故鄉利賽布爾出外旅行。途中聽到鍊金術師馬吉哈魯的傳聞，而前往造訪其居住的村莊。但那個村子卻傳出死人復活陸續攻擊活人的不祥謠言。

#5 疾走!機械鎧! 為了成為國家鍊金術師，愛德華與阿爾朝向中央市前進。當打電話向馬斯坦古中校報告自己即將到達的消息時，出乎意料的被命令搭上下一班列車。於是兩人遂急忙跳上指定的火車。沒想到，與家人出來旅行的哈克洛將軍正好也在列車上…。

#6 國家鍊金術師資格考試 為了準備國家鍊金術師資格考試，愛德華與阿爾住進了馬斯坦古介紹的，生體鍊成界的第一把交椅「綴命之鍊金術師修‧塔卡」的家中。受到塔卡的女兒妮娜與愛犬亞歷山大的鼓勵，兄弟倆每天都埋首苦讀。然後，考試當天，愛德華與阿爾去應考了…。

#7 合成獸哭泣的夜晚 愛德華以１２歲的年紀通過「國家鍊金術師資格考試」的考驗，改寫了史上最年少合格者的紀錄。並從馬斯坦古手中接下國家鍊金術師的證明銀懷錶。然後塔卡家舉辦了慶祝派對，妮娜與亞歷山大玩得不亦樂乎。但塔卡此時卻為了審定的日子將至，正被逼入絕境…。

#8 賢者之石 愛德華沒能解救妮娜，內心備受後悔與無力感煎熬。馬斯坦古卻命令這樣的愛德華去分析塔卡留下的研究。愛德華對此「冷酷」的命令感到憤怒，一個人獨自開始搜索殺害妮娜的犯人。

#9 軍方的走狗的銀懷錶 感受到自己的渺小與無力，為了要達成目的，愛德華決意成為國家鍊金術師。在得到種種特權的同時，也意味著成為”軍方的走狗”。之後，愛德華接到了馬斯坦古所下達的身為國家鍊金術師的第一個任務。

#10 怪盜賽倫 在要去和馬斯坦古做報告的途中，兄弟倆在水之都‧阿庫羅亞中途下車。阿庫羅亞是有名的觀光勝地，但最近卻有位身分不明名叫〞賽倫〞的怪盜出沒。而唯一的線索，只知道這傢伙會使用鍊金術。兄弟二人接受了街上刑警的委託，協助幫忙尋找怪盜。

#11 砂礫的大地‧前篇 聽到『賢者之石』的謠言，愛德華與阿爾來到了黃金的產地．傑諾塔姆。這裡曾經是繁極一時的城鎮，不知從何時開始漸漸沒落下來，於是鎮民們便把最後的希望寄託在馬古瓦爾所研究的『賢者之石』之上。而愛德華與阿爾在那裡得知了冒牌愛力克兄弟的存在。

#12 砂礫的大地．後篇 拉瑟爾和弗雷查打著愛力克兄弟的名號，繼續從事著『賢者之石』的研究。為了從「紅水」中精製出「賢者之石」，拉瑟爾依照馬古瓦爾的指示實行了某個方法。但由於他們無法狠下心來實行，遂被逮捕到地下牢…。

#13 焰VS鋼 為了身為國家鍊金術師所必須提出的調查報告，愛德華與阿爾馮斯來到了軍方的東方司令部。當愛德華尋問馬斯坦古自己在傑諾塔姆所聽到的關於馬可醫生謠言時，卻被巧妙地避開話題。於是愛德華心生一計，決定以馬可的情報為賭注，向馬斯坦古提出模擬戰鬥的要求。

#14 破壞的右手 過去在伊修瓦爾內戰中從軍方脫逃的前國家鍊金術師馬可醫生。兄弟二人拜訪這位「賢者之石」的研究者，來到了海德村。愛德華要求馬可讓自己看當初從軍方帶走的『賢者之石』的研究資料。

#15 伊修瓦爾大屠殺 遭到斯卡追殺的愛德華與阿爾，在千鈞一髮之際被阿姆斯壯解救，並帶著馬可一起逃命。當馬可知道斯卡是伊修瓦爾人之後，便開始談起過去發生的那場戰爭…。伊修瓦爾內亂淒慘的事實真相。

#16 失去的東西 為了修理被斯卡破壞的機械鎧，愛德華與阿爾和隨身保護他們的阿姆斯壯一同前往利賽布爾。馬可秘密給予的紙條中，記載著『賢者之石』相關研究資料的藏匿處。那個地方就是中央圖書館第一分館。為了好不容易掌握到的『賢者之石』線索，兩人又再度出發。

#17 有家人等待的家 為了修理機械鎧，愛德華、阿爾與阿姆斯壯造訪了利賽布爾。自從放火燒掉自己的家，開始旅行尋找『賢者之石』的那一天起，這是四年來第一次返鄉。比拿可與溫莉雖然講話刻薄，但還是很溫馨地迎接二人回來。

#18 馬可‧筆記 為了得到馬可留下的『賢者之石』研究資料，愛德華與阿爾再度造訪中央市。然而資料的保管地點中央圖書館第一分館已因火災而焚毀。根據目擊者的證言推測，犯人是……“傷痕男‧斯卡”。

#19 真實的深處的深處 為了取回失去的一切，愛力克兄弟長久以來追求的『賢者之石』。那是犧牲許多人的生命而製造出來的東西。這個衝擊性的事實真相幾乎讓愛德華崩潰，但是他還是決定要探究馬可留下的筆記「真實的深處的深處」的真意。

#20 守護者之魂 愛德華與阿爾查出了『賢者之石』的研究場所是「第五研究所」。照理來說應該已成廢墟的這個地方，卻有著重重戒備與無數的機關。而襲擊愛德華與阿爾的兩個黑影，死刑犯48號與66號的真面目是……。

#21 紅色光輝 愛德華與48號的死鬥在第五研究所展開。圍繞著『賢者之石』的情報，緊湊而無法喘息的一進一退的攻防戰持續進行著。另一方面在研究所的中庭，阿爾與66號的心理層面戰鬥也即將開始……。

#22 被製造的人類 愛德華終於闖進第五研究所的深處。為了將鍊金術轉用於軍事用途，這個地方曾經進行了大規模的生體鍊成研究。研究所內尚有大量未完成的『賢者之石』與巨大的鍊成陣。塔卡向愛德華提議，利用這些材料來完成『賢者之石』。

#23 鋼之心 傷痕累累的愛德華，意識朦朧地在醫院病床上醒過來。阿爾則是身體幾近半壞的狀態，被放在房間的角落。只差一步就可以得到賢者之石，但怎麼也無法跨出那一步，這件事束縛著愛德的心。而阿爾與66號交手之後，就一直抱持著某個疑問。

#24 回憶的定著 自己的靈魂說不定也是偽造的，被這個疑問所困擾的阿爾，從愛德的面前逃開。茫然佇立於街頭的他，在那裡遇到了伊修瓦爾人的少年兄弟雷歐與利克。阿爾在兄弟倆的帶領下造訪伊修瓦爾的秘密營地，在那他遇見了意想不到的人物。

#25 離別的儀式 在第五研究所獲知了賢者之石的真相。不過，愛德華與阿爾決定另尋他法來恢復原本擁有的身體。二人為了追求那個可能性，而決定離開中央市。另一方面，持續調查第五研究所與賢者之石的休斯，最後發現到了某件事實。

#26 她的理由 愛德華、阿爾以及溫莉三人來到了機械鎧聖地拉修巴雷。面對街上一排排的機械鎧工作室，溫莉顯得極為興奮。三人在拉修巴雷特有的機械鎧腕力大賽中，遇到了右手腕與雙足都是機械鎧的少女帕妮孃。

#27 師父 愛德華與阿爾兩人在拉修巴雷被他們最害怕的人－鍊金術師父：伊茲米給逮到。愛德華成為「軍方的走狗」國家鍊金術師一事令伊茲米氣得怒火攻心，於是將兩人拉往達普利斯。另一方面，東方司令部的馬斯坦古這邊，收到了調往中央市的正式公文。

#28 一為全、全為一 「現在的他們所需要的是…偶爾停下來好好思考。」伊茲米再次將愛德華與阿爾兩人帶到約克島。那裡是，二人年幼時期為了修行所待過的地方。島上還殘留著好幾處當時所留下的痕跡，二人一邊回憶著過去一邊重新檢視自己。

#29 純潔無垢的孩子 愛德華與阿爾在約克島一邊回憶往事，一邊懺悔自己犯下的過錯，並下定決心為了挽回一切，要繼續前進。此時，照理說應該沒有任何人在的森林裡，出現了一名使用鍊金術的神秘少年。

#30 襲擊南方司令部 伊茲米從約克島帶回的少年。少年的右肩上有道舊傷痕，那道傷痕和愛德華幼年在約克島修行時所受的傷痕非常相似。少年在愛德華的逼問下逃走。另一方面，休斯的繼任者－法蘭克‧亞伽中校陪伴阿姆斯壯少校搜索著愛德華等人的下落，來到了達普利斯。

#31 罪 右足擁有銜尾蛇紋章的少年。為了爭奪此人，軍方、金普利、愛力克兄弟、以及伊茲米等眾人在南方司令部僵持不下。另一方面，羅伊奉大總統之命，為了逮捕斯卡，率領軍隊到齊修亞近郊的貧民窟。

#32 森林深處的但丁 擁有愛德華失去的右手腕與左腳的少年拉斯。他是過去伊茲米進行人體鍊成後失敗的結果，被創造出來的人造人。拉斯期望可以成為人類，為了搶奪剩餘的身體而襲擊愛德。

#33 被囚禁的阿爾 在伊茲米的師父的但丁之館，阿爾遭到古利德率領的合成獸軍團襲擊，被強行擄走。阿爾被囚禁在他們的根據地，郊區的酒吧惡魔之巢。在那裡，古利德逼問阿爾關於永遠的生命的秘密。

#34 強慾的理論 在惡魔之巢展開了不穩份子的殲滅作戰。亞伽隊的士兵接二連三地射殺著古利德一派的合成獸，在混戰之中，古利德遭到金普利與塔卡的背叛，又受到拉斯多、庫拉多尼的襲擊，漸漸被逼入絕境。

#35 愚者的再會 拉斯多偶然遇見了知道她的過去的青年─路瓊。二年前，為了找出流行於故鄉村落的原因不明的怪病，化石病的治療法，路瓊日以繼夜拼命地研究鍊金術。

#36 我內在的罪人 過去伊修瓦爾曾經製造過「賢者之石」。在南部邊境地帶，愛德與阿爾接觸了被軍方護送的伊修瓦爾人，得知有位老人知道有關於賢者之石的事。愛德和阿爾，還有溫莉，遂前往老人所居住的，位在齊修亞西邊的貧民窟。

#37 焰之鍊金術師／少尉的奮戰／第十三號倉庫的妖怪 哈博克少尉奉軍內務課之命對馬斯坦古上校進行監視。他和普雷達、法爾曼、菲利一起秘密寫下「羅伊‧馬斯坦古觀察日記」。陸續被揭開的馬斯坦古上校的鮮為人知的日常生活是?

#38 河畔 在前往伊修瓦爾的旅行途中，愛德與阿爾為了是要以阻止斯卡為優先，還是恢復自己的身體為優先而意見不合。另一方，在休斯的墳前，榭絲卡和溫莉偶然相遇。獨自調查休斯事件的榭絲卡，終於歸納出了一個假設…

#39 東方內戰 旅行途中，馬黛兒對愛德華和阿爾道出自己與多魯契德、羅亞等人在特殊部隊服役時的過去。伊修瓦爾內戰的真相和第五研究所的真實在此明朗化。就在此時，為了鎮壓反抗勢力，亞伽率領的軍隊到達了里歐爾鎮。

#40 傷痕 金普利背叛古利德並出賣同伴，倒戈重返軍方。為了替同伴報仇，馬黛兒不顧阿爾的制止，猛然地發動了攻擊。另一方面，愛德和斯卡在里歐爾鎮對峙著。

#41 聖母 失去了領導者，里歐爾陷入一片混亂。趁著這股混亂，軍方決定使用武力進行軍事鎮壓，軍方的鎮壓部隊向市區進軍。而斯卡則企圖利用里歐爾的混亂來完成賢者之石。

#42 不知其名 追求賢者之石的人必定招來滅亡的傳說，再次因為一個名為里歐爾的城鎮的犧牲而誕生。奉大總統的特別命令，金普利率領合成獸部隊進攻里歐爾的市區。但是在他的面前，立誓為伊修瓦爾復仇的斯卡堵住了他的去路。

#43 野狗逃走了 突然從里歐爾的市街消失的愛德與阿爾。軍方與人造人追逐逼近著成為「賢者之石」的阿爾。在這局勢下，愛德與阿爾，向著利賽布爾的方向繼續逃亡。

#44 光之霍恩海姆 藏身在利賽布爾的愛德與阿爾的面前，出現了一位意外的人物。那是十幾年前就拋家不知去向的父親，霍恩海姆。

#45 讓心靈劣化的東西 中央市舊市街。在那地下延伸的巨大都市遺跡的一角。光之霍恩海姆與但丁相對而見，兩人之間有著永遠糾纏不清的緣份。事情回溯到四百年前，從他們終於抵達的那一天開始…

#46 人體鍊成 決意要和人造人決一死戰的愛德，為了拿到拉斯的弱點而去拜訪了伊茲米。另一方面，被留下的阿爾，為了知道賢者之石的用法而去了某個地方。那裡就是修‧塔卡的秘密藏身之處。

#47 封印人造人 為了成為賢者之石的阿爾，愛德與斯洛思兩人僵持對峙。阿爾在斯洛思的身上仍感受到母親的殘影，而被困惑著。犯下的罪。真正的贖罪是要親手消弭罪孽，愛德現在，挺身對抗斯洛思。

#48 再見 愛德將斯洛思的構成物質全部轉換成乙醇。那是觸犯禁忌者的，所無法避免的一條路。另一方，被送往北方的部隊，漂盪著詭異的氣氛。

#49 到門的另一邊 為了追上被帶走的阿爾，愛德隻身前往中央市。在那裡從重逢的托林卡姆兄弟口中得知，在第五研究所前面，有個與『賢者之石』相關的巨大研究場。

#50 死 被經由羅賽的嬰兒所出現的門所吞沒的愛德，被飛送到了門的另一邊的世界。那裡，是20世紀初的倫敦。在混亂中，愛德拼命逃離了齊柏林飛艇。此時，但丁命令庫拉多尼吃掉阿爾，想要得到完全的賢者之石。對阿爾展開攻擊的庫拉多尼。然後，門的另一邊的世界則是…

#51 慕尼黑1921 馬斯坦古先是在大總統府與布萊德對立，接著又和知曉事態而趕來的亞伽對峙。另一方面，在但丁的大宅裡，恩維為了見霍恩海姆而消失到門的裡面。然後愛德為了喚回最重要的東西，再度拍擊雙掌…