科學超電磁砲(第2季) 01~12

#01 超電磁砲 「學園都市」。這裡是集結一八○萬以上的學生，進行超能力開發的巨大區域。表面上，教師義工組織「警備員」與學生組織「風紀委員」維護著日常生活的和平，但今天依然有不良學生在暗巷糾纏可憐的少女。此時，一道電光制服這群不良少年。在麻痺的眾人中傲然站立的少女名為御坂美琴，是學園都市只有七人的「超能力者」第三名，別名「超電磁砲」。這樣的她加上白井黑子、初春飾利與佐天淚子，四人在學園都市的日常生活再度揭開序幕。

#02 壽命中斷 「廣域社會見學」將近，美琴等人外出購物。她們抄捷徑前往購物大樓時發現，平常沒人行走的狹小暗巷，不知為何出現許多學生。美琴等人感到詫異時，偶然撿到裝有「現金卡」的信封，這就是起因。固法表示，第七學區各處出現相同現象，拾獲信封的人與日俱增，熱愛這種傳聞的佐天，也拉著美琴尋找現金卡一整天。到了完全放學時間，精疲力盡的美琴聽到「武裝無能力集團」人們的交談，對方似乎發現了四處放置信封的少女――

#03 超電磁砲量產計畫 別人在美琴不可能前往的地方目擊到她。關於複製「超能力者」作為軍事用途的計畫，以及該計畫使用美琴基因圖譜的傳聞……美琴遇見的神祕少女――布束砥信，喚醒美琴的記憶令她膽寒。布束似乎知道隱情，但美琴再怎麼詢問，都被神祕的言行瞞混過去。後來美琴查出布束是長點上機學園的學生，線索逐漸串連起來，她決定潛入某間研究設施――

#04 妹妹們 美琴潛入研究所，得知「複製人計畫」已經中止。確認自己的基因圖譜沒被濫用的她，心情變得輕鬆愉快，和初春與佐天她們外出購物。美琴想像著即將來臨的「廣域社會見學」，心情亢奮到黑子都不敢領教，初春她們也有點不知所措，但面對可愛的商品依然心動。美琴發揮意外的才華，帶著五人度過快樂時光，暑假的這一天眨眼即逝――不過，學園都市正在台面下，靜靜進行著某項實驗。

#05 絕對能力進化計畫 位於美琴面前的少女，居然和她長得一模一樣……美琴立刻提高警覺。少女非常乾脆就承認自己是美琴的複製人，但她我行我素的個性，使得美琴也不禁亂了步調。兩人一起拯救小貓脫困、一起吃冰淇淋、一起喝茶，簡直是一對姊妹。兩人分開之後，美琴以少女留下的密碼為線索，查出驚人的事實，以及少女背負的沉重命運──

#06 我…看得見大家 眼睜睜目睹慘劇的美琴，失控朝眼前的神祕人物猛攻，自己LV5的超能力卻完全無法傷及分毫。在戰況即將更加激烈時，許多複製人出面阻止戰鬥，美琴質疑她們的心態，卻得到意外的答案──天亮之後，布束再度出現在美琴面前，透露自己散布現金卡的用意，以及往事對她造成的內心變化，美琴因而做出某個決定…

#07 想成為姊姊大人的助力 深夜，學園都市多處研究所同時失火或失聯，經過調查，兇手是入侵通訊網路進攻，在封鎖線路之後，總算保住三成的設施。另一方面，黑子看出美琴抱持某種煩惱卻試圖獨力解決，黑子想成為助力卻無從著手，因而陷入低潮。後來黑子在外出巡邏時，發現名為小實的女孩在尋找幸運物品，想送給即將分隔兩地的好友。黑子連同初春等人，協助小實尋找最傳統的幸運物──四葉幸運草，黑子也因而察覺，朋友們一直在身後默默支持著她…

#08 ITEM 和「絕對能力進化計畫」相關的研究機構，被破壞到剩下兩間，計畫負責人決定經由仲介，聘請學園都市的暗部組織「ITEM」緝捕入侵者。美琴連夜摧毀研究機構，即使已精疲力盡，依然鞭策身體入侵倒數第二個目標設施，卻遭到ITEM成員的襲擊。她是否能突破對方布下的炸彈陣？此外，布束也受邀前往另一間研究設施，並且趁機進行某項計畫……

#09 能力追蹤 和實驗相關的設施剩下兩座。受邀前往其中一座研究所的布束，不忍坐視美琴獨力奮戰，決定暗自進行某項計畫，為她當年參與實驗的行為贖罪。另一方面，美琴成功制服芙蘭達，卻遭遇新敵人的攻擊。美琴決定以破壞設施為優先，但對方精準鎖定美琴所在位置的能力加上強大的火力，逐漸將美琴逼入絕境。

#10 原子崩壞 麥野命令受傷的芙蘭達與消耗過度的瀧壺先離開，自己則是留下來和美琴對決。奮戰至今幾乎耗盡力氣的美琴，以芙蘭達忘記回收的娃娃炸彈對抗，但麥野也使用工具彌補己身戰力的弱點。第三名與第四名超能力者的戰鬥，即將分出勝負！

#11 自動販賣機 美琴逼使相關研究機構全部停擺，成功逼迫「實驗」中止。孤獨的戰鬥結束之後，美琴終於得以回到日常生活，此時上条當麻出現在她面前，仰慕美琴的學妹黑子也闖入，引發一場大騷動。

#12 樹狀圖設計者 至今應付的對手，居然是整座學園都市。這場「實驗」──「絕對能力進化計畫」本身就是巨大的黑暗。美琴越是調查真相，越是感到無力……