科學超電磁砲(第2季) 13~24

#13 一方通行 樹狀圖設計者損毀，美琴的計畫落空，但她依然不死心，繼續破壞研究設施。在這個時候，下一場實驗開始了，美琴再度眼睜睜看著御坂妹被殺，走出書店尋找御坂妹的上条，也目擊殘忍的遇害現場……

#14 約定 目睹實驗現場的上条，來到常盤台宿舍想找美琴問清楚，可惜沒見到美琴本人，但他在布偶裡發現相關計畫的資料。鐵橋上，美琴下定決心挑戰一方通行，試圖以自己的生命拯救妹妹們，上条於此時擋住她的去路……

#15 最弱 上条抵達實驗現場，目睹御坂妹的慘狀，火冒三丈和一方通行開打。在一方通行眼中，上条只是微不足道的無能力者，但上条右手的「奇蹟」卻讓一方通行大驚失色！另一方面，美琴趕到戰場，目睹一方通行即將施展絕招。能夠阻止一方通行的不是她，而是……

#16 姊妹 美琴下定決心，今後要全力保護這群妹妹。上条拖著傷痕累累的身體，朝一方通行打出致勝的一拳，一方通行不禁回想起至今的種種行徑……戰鬥結束，美琴從御坂妹口中得知實驗中止，依照上条的要求準備謝禮……

#17 讀書會 暑假即將結束，美琴等固定班底，決定在佐天家舉辦讀書會兼火鍋大會，佐天也回憶起美琴上次來借廚房烤餅乾的往事。眾人各自買自己喜歡的食材，美琴到連鎖餐廳和黑子會合時，居然巧遇之前激戰的"ITEM"成員……

#18 搬家 暗部組織ITEM受命阻止軍火買賣，卻只遭受到神祕的襲擊……另一方面，枝先終於趕在開學前出院，眾人一起到蛋糕店慶祝，春上也表明將會搬離初春的住處，成為枝先的室友陪伴她。聚會結束後，佐天帶著眾人走捷徑回家，卻在暗巷發現一個昏迷的小女孩……

#19 學園都市研究發表會 名為菲布莉的小女孩，暫時收容在淚子家。初春查詢的資料庫，發現她並非迷路或走失的兒童，因此眾人認為她是「棄兒」，並且在安排送進託育所之前繼續幫忙照顧。黑子與初春來到學究會會場開會，淚子也帶著菲布莉過來閒逛，菲布莉卻在一個不注意的時候失蹤……

#20 菲布莉 場勘結束，固法邀大家一起上澡堂，美琴和菲布莉也終於相處融洽。回程時，眾人遇見施工告示，被迫繞路的途中進入一座廢棄工廠，卻遭受驅動鎧襲擊。美琴成功打倒驅動鎧，菲布莉卻不知為何身體不適倒下……

#21 黑暗 菲布莉是人造物體。美琴從青蛙醫生口中得知驚人的事實。菲布莉出院時，美琴遇見在同一間醫院療養的御坂妹，得知菲布莉可能和布束有關。美琴原本打算和之前一樣單獨調查，但聽過婚后的一席話，決定向朋友們說出事實，同心協力拯救菲布莉。

#22 STUDY 美琴和昔日對手泰列絲緹娜見面。在美琴的堅持之下，泰列絲緹娜終於透露先許情報。眾人也同心協力查出STUDY corporation這間公司很可疑。為了找出相關人員直接問情報，美琴潛入該公司的相關工廠，在那裡遇見出乎意料的人物。

#23 革命拂曉 被捕的美琴，從當事人有富口中得知「chemicaloid計畫」，並且在朋友的協助之下脫離困境。依照各方收集的情報，確定對方將在學究會當天，由菲布莉的姊姊佳妮操縱兩萬具驅動鎧甲，發動一場恐怖攻擊。

#24 Etenal Party 風紀委員吸引兩萬具驅動鎧的注意力，美琴和菲布莉深入敵陣核心。菲布莉剩下最後一顆糖，會使用「原子崩壞」的機器人擋在面前，而且整座學園都市也陷入毀滅危機。眾人將如何克服最後的難關？