戰翼的希格德莉法

謎樣的敵人光柱「皮拉」突然出現在世界上，為了擊退敵人，神將戰鬥少女──女武神交付給了人類。 五年後，世界各地對抗光柱的戰爭依舊持續著，一名女武神被轉調往了日本館山基地。她就是世上僅有9人的菁英女武神之一──克勞迪婭．布拉福德。一本正經的她，在超乎常理的館山基地與其他三名問題戰鬥少女相遇，卻無法掩飾內心的不知所措…… 「這裡是以『南國渡假村』風格的基地為賣點呢！」

前往館山基地報到的克勞迪婭與六車・宮古、駒込・阿祖祖、渡來・園香等人聯手合作，成功擊退了皮拉光柱。為了尚未習慣館山基地自由風氣的克勞，宮古提案舉行一場「女武神限定的聯誼會」。克勞與元氣滿滿的宮古、睡眠不足的阿祖祖、以及不好惹的園香之間的友情也因此更加深厚。與此同時，她們接獲情報表示，皮拉光柱出現在館山基地附近的人工島「海螢火蟲」附近，不少平民因而受困在海螢火蟲上……

前往基地道場進行日常訓練的克勞，遇見了早她一步進行晨練的宮古。在宮古的陪伴下，克勞體驗了館山基地忙碌的早晨生活，也發現自己越來越融入這裡的環境。里見司令也同時賦予克勞等女武神新的任務，要她們前往「海螢火蟲」了解被皮拉光柱破壞後的恢復狀況，也就是前往進行慰問任務。被任命為慰問部隊隊長的克勞，在不知所措的情況下和宮古、園香、以及護衛隊一同前往了海螢火蟲…… 「小克妳知道嗎？由女武神送行的人會成為英雄喔」

館山市上空突然出現皮拉光柱，女武神們在交戰時發現，每當皮拉光柱被擊倒，便會馬上在其他地點再生，眾人因此陷入苦戰。正當女武神們受到皮拉光柱牽制，無法返回基地駕駛英靈機反擊而感到苦惱之際，她們從護衛隊口中得知有條可以通往基地的地下通道存在。但是，她們必須穿過海洋才能抵達地下通道所在之處，為此，女武神們決定換上泳衣朝基地方向前進！ 「我說妳們啊，怎麼穿成這樣在打仗？」

來只會分派至激戰區域，身經百戰的女武神天塚彌生，為了一項策畫多時的機密作戰來到了館山基地。聽聞將投入全日本戰力的「富士上級皮拉光柱」作戰計畫而感到訝異阿祖祖與克勞，為了找出大神奧丁背後的真實意圖，決定來到其面前與之談判。另一方面，見到彌生後的園香的行為舉止也變得十分奇怪…… 「事到如今到底是為了什麼，姐姐…」

奧丁一語成讖，全世界的皮拉光柱進入短暫休眠期，人類進攻位於富士山的上級光柱的反擊計畫正式開始。以克勞在歐洲時的戰友莉茲蓓特和蕾莉為首，來自世界各地的S級女武神紛紛抵達日本，館山基地全員士氣高漲。 受到奧丁加護的眾人，逐一飛向戰場的戰士們，在天空等待他們的究竟是── 「將我們的國家，我們的未來，奪回來！！」

闖入富士上級皮拉光柱內部的克勞、宮古、阿祖、園香等人，在前方等待她們的是充滿謎團的巨人與過去陣亡的戰姬們的黑色英靈機體。和過去的夥伴交戰而感到困惑與憤怒的女武神們，因日本各地的皮拉光柱開始朝著富士山集結而陷入絕境。此時，過去曾被稱之為日本守護者的S級王牌沖田櫻的黑色機體現身…… 「跟妳被擊落的昨日相比，今日的我們更為強大！」

歷經慘烈一役後，討伐富士上級皮拉光柱的作戰以失敗收場。奧丁生死不明，館山基地也在敵人逐漸的攻勢下淪陷。不過，館山基地的成員們並沒有放棄，為了將基地奪回，宮古再次登上英靈機迎擊。阿祖與克勞為了查明暗藏在大神奧丁所留下的話中的「真相」，開啟了前往英靈殿的大門。 而尚未從彌生戰死的打擊中站起來的園香，也開始尋求自己能辦到的事……。 「想起來吧，克勞迪婭。奧丁到底託付了妳什麼？」

在奧丁居住的英靈殿中，克勞與阿祖發現了神祕的壁畫，上面記載著與這場戰爭的真相有關的線索，為了將這個情報帶回基地的他們被古代戰士追殺、逼入絕境。為了奪回館山基地，宮古坐上英靈機進入二級皮拉光柱內部，卻陷入苦戰。心中的傷口還沒復原的園香，為了保護留在地面的人們免於皮拉光柱的攻擊，她拼命地尋找活路…… 「不管有多少就放馬過來吧，不論是從過去到未來，我都不會放棄――！！」

失去活力的克勞等人回到館山基地，宮古為了讓館山的人們打起精神而展開行動。另一方面，阿祖祖從英靈殿帶回的情報中發現，人類已完成奧丁真正的意圖，眾人尋求各國的協助，希望能「再次進攻《富士上級皮拉光柱》」。阿祖祖為了這場最後戰役，開始全神貫注地擬定作戰計畫。 成功奪回館山基地的第909戰術姬隊成員們，從阿祖祖帶回的「真相」中受到莫大的衝擊。奧丁再度現身於爭吵不休的各國首腦面前，並將戰鬥的動機、戰鬥的力量以及戰鬥的敵人等情報交予人類後，正式向人類宣戰。阿祖祖與夥伴們廢寢忘食地埋首於作戰計畫中，在分配各自該執行的任務後，宮古暗自做出了決定……。 「我是天才。既聰明又可愛。所以我知道，要是下次的反擊作戰失敗，人類就完了，就輸了。」

再次進攻《富士上級皮拉光柱》的行動正式展開。 克勞在夢中與奧丁對峙並拒絕了他的請託，決定與之奮戰到底。在皮拉光柱恢復前，人類必須抓緊時間，再次投入國內外所有戰力，神與人類壯烈的最後一戰正式揭開序幕。 就在館山夏日祭典結束之際，眾人準備再次進攻《富士上級皮拉光柱》，負責指揮這場不容失敗的作戰的里見司令官，做出保存館山基地王牌戰力的決定，並由前次戰役中被園香救回的戰鬥少女新成員胡桃與萌為首展開進攻。在人類的奮戰之下，戰局依照阿祖祖的計畫順利進行。另一方面，奧丁突然現身在克勞面前，讓她看見奧丁已滅絕的故鄉景色，同時也向克勞提出邀請……。 「我的女兒啊。我只要妳…我只要妳牽起我的手」

第二次「富士上級皮拉光柱」攻略戰終於迎來終局。 第909戰術姬隊的克勞、宮古、阿祖、園香等人，以及館山基地的戰友們，與騎著斯雷普尼爾在戰場上現身的奧丁展開對戰。克勞的歌聲響徹戰場的同時，阿祖、宮古、園香等人正向「富士上級皮拉光柱」與雷之巨人索爾進行最終決戰。是消滅還是再生？是生還是死？夢想的盡頭，少女們的信念與羈絆將接受考驗——。 「我們有阿祖！有小園！有克勞！大家都在，全世界的人都在奮戰！ 要道歉的話就趁現在，奧丁大神！」