唐高宗年間，汴州縣令汪子峰一家突遭橫禍，全家上下慘遭殺害，主人公狄仁杰被歹人陷害含冤入獄。狄仁杰的隨從墨雨救主心切，帶領數十百姓攔路喊冤，求救於途徑此地的河南黜陟使閻立本。幾經波折，墨雨的誠意打動黜陟使大人，閻立本不顧統領趙寶的阻攔答應前往獄中會見狄仁杰。

狄仁杰證明了他自己不是殺死汪子峰的兇手，蕭朝天也得到了應有的報應。紅巾表示此處也沒有她與藍淩的事，不過藍淩卻指出她與紅巾之間的事還沒有結束。閻立本感慨若不是昨晚臨行前狄仁杰振聾發聵的一番言語，他可能已經成了另外一個汪子峰，從此受蕭朝天的控制。

慕容清指出蠱毒發作最快需要一個時辰，因此不能說出午時之後行蹤的人便是兇手。蔣昊晨審問仇一帆午時之後在什麼地方，結果仇一帆沒有回答，而是一直望著門口。在遠處的狄仁杰自言自語道既然不是仇一帆殺的王昭燕，那仇一帆為何一直看著門口，不過狄仁杰也知道王昭燕確實不是仇一帆所殺。

世間根本沒有自己掐死自己的毒，狄仁杰完全不接受慕容清的說法。慕容清生氣地說是狄仁杰孤陋寡聞，並讓慕容寶與她離開。長安城已經全城戒備，蔣昊辰勸慕容清回客棧休息。慕容清稱她要離開長安城自有辦法，不過現在心情好，想要去西市逛逛。蔣昊辰在酒館準備了一桌酒菜，邀請狄仁杰與墨雨一起用餐。

慕容清走了出來，承認自己研製出了毒藥“捏死我的溫柔”的樣品，蔣昊辰將所有人押往感業寺，並請來閻大人聽審。在感業寺內，慕容清說出了王昭燕之死的真相，原來王昭燕另有心上人，不願嫁與仇一帆，懇請慕容清幫助自己假死然後和情郎遠走高飛，慕容清為其配製了苗蠱，之後發生了婚禮慘死一幕。

王昭燕給慕容雲穿上了最可怕的衣服——解鈴還需系鈴人，同時指出只要慕容雲交出女為悅己者容，她便放過慕容清和藥王山莊的所有人。狄仁杰與慕容清趕回山洞，卻見已經穿上那件衣服的慕容雲。慕容清欲幫姑姑解開那件衣服，但結果只是徒勞。

王昭燕在普世殿的密室裡找到瞭解鈴還需系鈴人，這個時候王浩德進來了，她就躲在殿中不出來。狄仁杰指出王浩德進入殿中是為了救王昭燕，因為他懷疑殺死御醫的兇手仍然在殿中，所以讓閻立本加派人手和王浩德一起搜查普世殿。可王浩德害怕他先找到王昭燕，所以先他一步進入殿中。

捏死我的溫柔隨風擴散，所以放毒的人十之八九藏身在上風之處，狄仁杰交代慕容清他們注意風向。離開時，慕容清特地交代狄仁杰不能把身上的銀針拔下，否則性命難保。狄仁杰邀請武媚娘同他一起進普世殿，而武媚娘在此修行三年，狄仁杰讓武媚娘幫忙回憶每一個東西所放的位置，他要把那些東西全部恢復原樣。

狄仁杰發現觀音像很像洛秋燕，找到了可以破解普世殿所有秘密的因果之線。觀音像是洛紅塵依照他妻子的相貌雕造出來，因為洛紅塵為了打造六絕而廢寢忘食冷待妻子，內心愧疚卻又不能自拔沉浸在六絕之中，於是為了懺悔而建成了普世殿並把寶藏的秘密藏在了普世殿。普世殿就是洛紅塵懺悔一生的殿堂。

客棧假老闆娘被識破後只得逃跑，墨雨在柴房看見真正的老闆的屍體便確認那個假老闆娘是兇手。狄仁杰與墨雨追了出去，但在追了一段路後，狄仁杰說不追了，因為一個武功如此高強的女人殺人根本不用流一滴血，可那女子留下的線索太明顯，狄仁杰猜測女子是有意讓他懷疑是殺人兇手，引起他的好奇心去銷金窩。

聽著獨孤峰說昨晚的情況，狄仁杰便明白為何會有人說是風中重生，夜鷹復仇。烈陽就是被守護風之沙城的夜鷹大神所殺，頭也是被硬生生地扯下來，而飄在天空的女鬼正是七年前風之沙城的城主。獨孤峰說起昨晚花非花沒有受傷，而是昏睡在榻上，還有點衣衫不整。

狄仁杰讓紅巾藍淩隨他與墨雨一起去鯉躍門吃個早飯，而這頓早飯不要他們付錢，店小三會做東。狄仁杰知道店小三也是長街的殺手，但在早上長街的殺手攻擊離開銷金窩的人的時候，店小三根本沒有出手。狄仁杰知道店小三已經厭倦了為人賣命的日子，只想在這個鯉躍門謀取利益，所以求安穩就是店小三的弱點。

雖然現在不知道兇手是誰，也沒有查清幫兇的真實身份，但狄仁杰敢肯定加瑪麗復生、夜鷹大神復仇全都是假的，只是兇手佈置的一個殺局，而兇手一個人是完成不了這些事情，因此花非花不是兇手，所以霸千秋把花非花交給馬賊王也沒有用，因為就算霸千秋把花非花交給馬賊王，銷金窩也難逃一劫。

狄仁傑奇怪是誰為加瑪麗設的靈位，又是誰供奉的鮮花。狄仁傑將無字天碑放在加瑪麗冰棺前面一隻鷹的機關裡，隨後發現無字天碑上有磁石所磨成的粉末。狄仁傑頓時明白無字天碑的夾層內藏著由鐵絲所組成的文字和圖形，只要沾上磁粉就能顯現出來。

墨雨拿著那支花找到飄飄，飄飄指出那花叫風中忘我，只有在風之沙城才能生長的花。墨雨指出加瑪麗生前很喜歡這個花，而飄飄特地種了這種花供奉加瑪麗，他問飄飄與加瑪麗是什麼關係。飄飄稱加瑪麗是她的姐姐，此時紅巾著急忙慌地跑來說極樂大牢出事了。

宴會上，伶人排演了三把寶劍的故事，師爺聽了指責伶人胡編亂造，因為三鐵騎與將軍共生死，不可能殺死將軍。伶人委屈又害怕地表示是黑風寨送來的戲本，他們也只是照著排演。師爺向濮王解釋是他安排不妥，濮王指出中間定有誤會，他提出先讓伶人們下去，以免壞了今晚的興致。

上官將軍帶兵包圍了黑風寨，卻發現黑風寨的人好像全都逃走了一樣。但上官將軍一直駐守在山下，肯定黑風寨的人沒有逃。狄仁杰帶著大家騎著馬在原地打轉，目的是把士兵引過來，然後他們再衝向山谷。大當家一直聽說狄仁杰斷案如神，卻不料狄仁杰也有領兵作戰的才能。

武殿的大火並非是將軍的復仇之火，狄仁傑指出箭堆正是點燃大火的起點，真正點火的人不是守衛，一切都是有人事先設計好。點燃火的不是人，也不是將軍的鬼魂，而是銅像的護心境。兇手是利用太陽照射護心境的時間和反射光線來控制大火，大火燃燒和曲沖被殺是同一時間。

狄仁杰在回黑風寨的山路上想著神七說的那首詩時遭一黑衣人襲擊，幸得慕容清及時出現並救下狄仁傑。黑衣人趁慕容清不備時將手中劍扔向狄仁傑，慕容清替狄仁傑擋下那一劍，結果手臂卻不幸地被有毒的暗器所傷。狄仁傑拉著慕容清躲避黑衣殺手的追殺，兩人一同掉下山崖。狄仁傑遲遲未歸，墨雨與紅巾十分擔心。

紅巾指出不能僅憑藍淩是孤兒就判定藍淩是將軍的後人，墨雨稱藍淩整個宴會都沒有離開，因為他喜歡藍淩，所以一直看著藍淩，因為喜歡藍淩。二當家請狄仁傑將他當作兇手交給朝廷，這是兩全之策，再說兇手沒錯，只是想報仇，而他也正好贖罪，狄仁傑沒有答應，墨雨讓狄仁傑不要將他剛剛跟二當家說的話告訴藍淩。

玉珍公主發出請柬，邀請王皇后和蕭淑妃前去三清觀打醮，王、蕭二人都感到媚娘的存在對自己是個威脅，兩人同時求籤，不料二人之籤竟然相同。玉珍公主引二人前往道姑季玄瑜處聽解籤，季玄瑜道出武媚娘乃是修行五百年的狐狸精，要加害於皇上，勸王、蕭二人化敵為友共同對付武媚娘。

當夜，李治再次聽到媚娘寢殿的敲門聲，但媚娘卻仍然酣睡如常，季玄瑜的話不斷迴響在李治耳畔，李治不禁汗毛倒立驚悚萬分，遂倉皇離去。狄仁杰回到汴州，輔佐知府大人斷案，閻立本突然造訪，道出宮中一系列變故，季玄瑜用照妖鏡將媚娘顯形，高宗將其軟禁，其後讓閻立本暗中找狄仁杰進京查明真相。

關於季玄瑜的身世來歷，天機堂竟然沒有任何記載，狄仁杰從申天命之處知道了透光鏡的存在，時蔣昊辰將無字天碑交于申天命，並說出此物與“紅塵七絕”有關。朝堂之上，李治再次提及接濮王回京參加祭祖大典，長孫無忌竟然首肯，但要求大典結束後濮王必須速速離京。

今天還是白粥素菜，墨雨抱怨冷宮的伙食太差，狄仁傑給墨雨看他一早溜出宮在長安鳳祥記買的小籠包。宮裡在議論季玄瑜要在中秋那日表演白日飛升，人選就是大理寺丞申天命和一個叫鶯鶯的女囚。狄仁傑來到冷宮，卻見到給武媚娘治病的慕容清，兩人相對無言。

季玄瑜選狄仁傑去壓宅，皇上說正是大好時機，也是狄仁傑最後的機會了。狄仁傑和墨雨給武媚娘送飯，可武媚娘卻傷心難受。明兒就是中秋，也是弘兒來到人間的第一個中秋，可弘兒卻要在冷宮中度過，武媚娘自責是她這個做母親的連累了弘兒。狄仁傑安慰武媚娘，勸武媚娘再挺一挺，一切都會過去的。

狄仁杰見到神鏡書生，神鏡書生聽說過透光鏡的事情。銅鏡書中說鏡子背面的圖案可以在強光的照射下投到牆上，可狄仁杰看過季玄瑜的那面銅鏡，鏡子的背面根本沒有任何狐狸的圖案。神鏡書生懷疑問題不是出在銅鏡的背面，而是照鏡子之人。

禾大人之前在長安有幾處舊宅，狄仁杰安排紅巾和藍淩去那舊宅裡看有什麼線索，同時安排閻立本回到宮中繼續關注飛升的事情。紅巾和藍淩剛來到那處宅子的門口，就聽路過的百姓說這座宅子裡鬧鬼，晚上經常有女人的哭聲。

季玄瑜向皇上稟告長孫大人已經飛升了，而她與長孫大人相識一場，這是她應該做的。突然書齋內傳來打鬥的聲音，正欲離開的皇上決定回書齋一探究竟，季玄瑜很是緊張。皇上看見墨雨與一個跟季玄瑜長得一模一樣的人在打鬥，狄仁杰向皇上解釋那人便是季玄瑜的孿生妹妹，而長孫大人並沒有飛升。

狄仁杰前去慕容清為藍綾醫治眼睛，紅巾阻攔無果，氣憤出走，墨雨連忙追上前去加以寬慰。狄仁杰向慕容清表示感謝，慕容清卻道此事乃醫女本分與他不相干。狄仁傑繼續搜尋證據，夜晚約陳征來到獨步林，為陳征再現鬼軍出現的場景，但陳征卻不相信狄仁傑的推斷。

紅巾和墨雨感情受挫酒館買醉，二人決心在一起。狄仁杰懇請陳征借兵讓其入林，被陳征拒絕。狄仁杰遇到慕容清，二人散步談心，對彼此關係的惡化狄仁杰痛心無比。二人路遇迷路小童，一問之下方知家住李記糖葫蘆附近，糖葫蘆亦是慕容清兒時愛食，瞬間勾起二人的美好回憶。

紅巾無心的一句話反而提醒狄仁杰想起洛紅塵的原罪，請來淩霄牧帶領士兵幫忙搬動石塔，並在塔內燃起紅燭，看到石壁上的投影，破解了迎日亭石塔陣之謎，得到了洛紅塵留下的一封信與一袋碎石。根據信中的提示，狄仁杰準備尋找荒塚，淩霄牧上前舉薦城內一名老石匠，狄仁杰卻發覺淩霄牧的手臂有異。

狄仁杰與墨雨去藥店買藥，竟意外破解了鬼將軍舉起巨石之謎。 狄仁杰為陳征成功展示了手舉巨石，原來兇手用鐵樺木更換了屋頂的椽木，以這根椽木為秤桿，可以輕易舉起巨石。紅巾再次提出慕容清與案件有關於狄仁杰理論，狄仁杰仍然不肯懷疑慕容清，就在二人爭執不下之時，淩霄牧卻傳來陳征畏罪自殺的消息。

生死門被打開，狄仁杰以燒毀糧絕威脅，逼退黑衣人，帶領大家闖入生死門。走到岔路口，狄仁杰決定獨自上路，大家不肯聽從，要求生死與共。狄仁杰只願與慕容清共生死，讓墨雨帶著紅、藍姐妹離開，但大家無人願意獨自偷生，執意留下相伴。

潛龍王知道慕容清寧願死在生死門裡的密室裡，也不願回來，慕容清沒有否認。潛龍王感慨大唐有狄仁杰是百姓的福氣，他答應慕容清不到萬不得已，不會傷害狄仁杰。潛龍王給狄仁杰送來一封信，信中說世上只有能醫不自醫能治療藍淩的眼睛，他要求狄仁杰拿就拿捏死你的溫柔來交換。

狄仁杰一行去看望武媚娘，紅巾奇怪武媚娘怎麼會住在風琴殿，武媚娘便將事情來龍去脈說了一遍。墨雨大罵王皇后心腸歹毒，見武媚娘得寵便三番五次地陷害，他好奇皇上為何不管這件事。武媚娘沒有回答，宮女六月說後宮關係十分複雜，與朝堂勢力盤根錯節，有時就是皇上也沒辦法。

狄仁杰前往大理寺查驗小公主的屍體，他發現小公主脖子上的掐痕還在，顏色還更深了。懷疑小公主被掐死只是假象，是兇手用來陷害武媚娘。閻立本向狄仁杰說起若不是他在朝堂上據理力爭，武媚娘恐怕要被處置了。

紅巾假扮宮女在王皇后身邊說聽見小公主的哭聲，王皇后因害怕而躲開，結果卻來到一個叫鬼門關的地方。狄仁杰一行在所謂的閻羅殿內審問王皇后，害怕恐慌的王皇后承認是她殺死的小公主，找元一道長作法想害武媚娘。只是讓武媚娘遷宮是元一道長的主意，因為武媚娘連生一兒一女獨佔皇上恩寵這讓王皇后實在無法容忍。

紅巾與王皇后講述一些與小公主相關的事情，還跟王皇后說她聽見小公主的哭聲，王皇后因此非常害怕。狄仁杰指出六月做的事情跟紅巾的是一模一樣，六月一直不停地在講徐婕妤的故事，而武媚娘因皇上的疏遠已經非常難過，加上中了菌毒，在聽了六月的話後會顯得更加恐慌，以至於產生幻覺。

狄仁杰準備大張旗鼓地尋找元一道長，紅巾不免擔心狄仁杰的安危，但狄仁杰卻一副胸有成竹的模樣，信心滿滿。紅巾與墨雨各種搜尋，但是卻沒有一個人見過元一道長，他們不禁十分著急，兩人尋尋覓覓，最終決定去問問城隍。於是，兩人一起來到城隍廟，城隍果然不負眾望，說出了道長的下落，就在一座破廟之中！

武媚娘燒了那封密函，狄仁杰指責武媚娘已經不是他三番五次不顧性命都要救的武媚娘，質問武媚娘究竟是為了什麼。小公主本該在這裡玩耍哭鬧，只是現在卻在冰冷的世界裡。武媚娘提起弘兒受太子和兩個太監欺負，太傅卻什麼都不管，所有的一切都是因為弘兒有一個善良、軟弱、任人欺辱的母親。

慕容清被押著前來延嘉殿用玄絲神針給皇上治病，她要在皇上的百會穴上施針，說是只有這樣才能緩解疼痛。狄仁杰擔心皇上的安危，因此阻止慕容清在百會穴上給皇上施針。皇上現在是生不如死，他表示只要能緩解病痛，哪裡施針都行。

狄仁杰和墨雨吃不慣宮中的食物，便親自給他們煮了水餃。墨雨感慨紅巾變得賢慧了，紅巾提起之前都是藍淩做菜之事，而藍淩能為心愛之人死，還是死在心愛之人的懷裡，應該沒有遺憾了。

閻立本指出以前明有長孫無忌，暗有潛龍王，狄仁杰他們是無時無刻不在危險當中。正說著話時，有刺客闖入，墨雨、紅巾與刺客交手，終究不敵刺客。刺客拿劍指向狄仁杰，狄仁杰卻沒有絲毫的畏懼。墨雨朝刺客的後背刺下一劍，刺客倒在狄仁杰身上，狄仁杰扯開刺客的面紗，吃驚發現刺客竟然是慕容清。

狄仁杰明白了，在芙蓉園被他殺死的是假扮的濮王，活過來的濮王也是別人假扮的，而真正的濮王就是當今的皇上。當日慕容清說服皇上到芙蓉園就是個陰謀，那樣濮王可借機將他自己打扮成皇上回到宮中，濮王手中有女為悅己者容，所以想要做到這一點非常容易。

白樂天追上了狄仁杰等人，雙方大打出手，就在此時慕容清趕到，她要求白樂天放了狄仁杰。打鬥中，慕容清讓狄仁杰跑得越遠越好，永遠不要回皇宮。墨雨獨自一人保護皇上，正在力不從心之際，常振風帶著長樂幫兄弟趕到加入戰鬥。

慕容清請求單獨與狄仁杰說話，眾人散去後，二人互吐衷腸，慕容清糾結于父親與狄仁杰的關係中，最終選擇了跳崖身亡，狄仁杰肝腸寸斷心碎不已。皇上趕回皇宮中，濮王陰謀敗露被抓，皇上下令將其終身囚禁於芙蓉園內。狄仁杰帶著墨雨紅巾回到汴州，懷著對慕容清的思念和愛繼續生活。