全部成為F

#1 白色的會面 「我去了一趟真賀田研究所。」國立那古野大學的副教授－犀川創平得知了恩師的女兒，同時也是自己學生的西之園萌繪與天才程式設計師－真賀田四季博士面談過的事，感到非常驚訝。看到他的反應，萌繪向犀川提出了某個提案…。

#2 蒼色的邂逅 由於研討會旅行，犀川和萌繪一行人來到了真賀田研究所所位在的妃真加島。在研討會成員們享受露營之夜時，萌繪和犀川拜訪了研究所。研究所的副所長－山根告訴兩人目前無法和四季取得連絡。為了確認她的安危，他們決定打開這15年內從未不經四季同意就打開的房門。

#3 紅色的魔法 一行人看到從房裡出現的四季屍體，都隱藏不了內心的動搖。雖然他們打算進行調查，但犯案現場是個完全封閉的密室，因此謎題越來越多。就在這時，研究所的所長，也就是四季的叔叔－新藤清二帶了四季的妹妹－未來回到了研究所。由於她的來訪，所內迎來了新的局面。

#4 虹色的過去 繼第一起殺人事件後，四季的叔叔－新藤所長也被殺害了，研究所陷入了一片混亂中。為了找出兩起事件的犯人，犀川和萌繪開始搜索四季的房間。在房裡發現的竟是奇妙的生活空間和名為「道流」的機器人，還有「全部成為F」的訊息…。

#5 銀色的希望 在調查新藤所長被殺害的事件時，犀川和萌繪從新藤的妻子－裕見子的口中，得知了15年前四季殺害雙親的詳細經過，還有四季體內存在多重人格一事。兩人為了找出線索，開始模擬起四季的思考模式。而在模擬的過程中，萌繪也被迫重新面對雙親因事故而身亡的過去…。

#6 鮮紅的決心 犀川和萌繪雖然放棄解開兩起事件的謎底，回到露營區，但腦中並沒忘卻此推理案。兩人回到研究所，並決心要找出事情的真相。他們立刻重新搜查四季的房間，結果發現房裡有奇妙的符號…。

#7 灰色的境界 犀川向搭乘新藤的直升機前來的四季胞妹－未來提出問題。在對話中，他接觸了四季從小就有的特殊思考。而另一方面，萌繪在研究所人員－島田的帶領下，開始體驗能進入腦內想像空間的虛擬裝置。過程中，"謎之聲"所提出的問題，讓她再次面對自己塵封在記憶裡的過去。

#8 紫色的黎明 萌繪透過虛擬裝置，回想起當雙親過世時，犀川總是陪在自己身旁的事，並打從心底感謝他。而自從四季的屍體出現在房間後，研究所的主系統就開始錯誤連連，為此山根他們著手重置系統。在停了電漆黑的研究所中，暢遊於思考之海的犀川終於抓住了解決事件的線索。

#9 黃色的死角 研究所的主系統成功修復，警察也來到了島上，但搜查依舊陷入膠著。就在這時，犀川活用自身情報分析和推理的能力，萌繪也運用她最擅長的計算能力，兩人一同讓真相逐漸明朗。最後，犀川終於找出能推翻四季的房間並非是個完美密室的證據，並終於要和犯人面對面…。

#10 紫苑色的真實 事件的真相終於大白…殺害四季的人，就是房裡的另一位「四季」。在虛擬空間中與犯人面對面交談的犀川與萌繪，兩人在解開事件謎底的過程中，得知了真賀田四季是怎樣活過來的。

#11 無色的週末 真賀田研究所的事件結束後，犀川等人回到了平常的生活。某天，四季突然到大學的圖書館找犀川。與四季見面後，犀川就一直處於迷惘狀態。但在和萌繪久違地單獨聊過後，又回到了平常的樣子。另一方面四季則是…。