桃源暗鬼

一之瀨四季突遭襲擊，養父剛志帶著他逃命時，四季得知自己繼承著「鬼」的血脈，是「桃太郎」的血脈繼承者－「桃太郎機關」追殺的目標。然而四季一直過著普通人的生活，他無法理解這一切，也無法接受剛志的解釋。隨後，四季被桃太郎機關的成員桃屋五月雨捕獲。曾是桃太郎機關成員的剛志與五月雨對峙，以桃太郎之力，操控黑色細菌創造出大刀，奮力營救四季，但最終還是在激戰中敗北。四季親眼目睹父親被擊倒，憤怒不已，於是他覺醒了鬼的力量，進入了失控狀態。

對抗桃太郎的鬼機關成員──無陀野無人，救回了受傷失去意識的四季，並在他醒來後對其進行考核，以評估覺醒了鬼之血的四季是否能成為對鬼機關有用的人才。然而，四季此刻只想著向桃太郎五月雨報殺父之仇，於是無陀野改變了考核方式。受到無陀野攻擊的四季在瀕死之際進入失控狀態，隨後偷學到了無陀野使用和掌控鬼之血的方法，勉強通過了考核，成功入學由無陀野擔任教官的鬼機關學校——羅剎學園，在這裡，他將懷抱著復仇的決心，不斷強化自己的力量。

入學羅剎學園的第一天，四季等新生被要求與無陀野進行「捉迷藏」考驗，失敗者將會被退學。四季受到同組的皇后崎迅挑釁，考驗一開始便與對方展開激戰。皇后崎施展鬼之力「血蝕解放」，讓四季陷入苦戰。四季試圖以鬼之力應戰卻無法成功，逐漸被逼入絕境的他，心中充滿不甘。在皇后崎自認勝券在握，準備給四季最後一擊時，同組的屏風浦帆稀突然衝了出來。看到四季為了保護自己而受傷，帆稀情緒失控，發動了連自己都無法控制的「血之巨人」，逼得四季與皇后崎只能轉入防守。

成功發動「血蝕解放」的四季，憑藉由鬼之血具現出的槍擊敗了「血之巨人」，但因過度使用鬼之血而無法動彈。另一方面，皇后崎不顧倒下的四季與帆稀，依照「殺死扮鬼者即能畢業」的特殊規則挑戰無陀野，卻沒能傷到未使用鬼之血力量的無陀野分毫，最終落敗。時間所剩無幾，連找出獲勝條件之一的小球也變得困難。四季不願放棄，提議與皇后崎合作，並成功從無陀野手中搶下球。搶到球的皇后崎一度想要獨占勝利，但因不願欠下四季人情，最終還是回到了四季這邊。就在此時，「獏速通信」的獏・阿夢帶來了某個消息。

無陀野得知鬼機關京都分部陷入危機，便帶著四季等人前往救援。桃太郎機關戰鬥部隊隊長桃宮唾切與副隊長桃草蓬對鬼機關發動攻擊，並企圖實施一項駭人的計畫。另一方面，鬼機關京都分部正忙於治療被送來的大批傷患，無陀野只能將四季託付給援護部隊總隊長花魁坂京夜，自己則趕赴前線，阻擋桃太郎的襲擊。皇后崎等人著手協助救護，這時四季被指派照看一名因桃太郎襲擊而與雙親失散的少女「芽衣」。但不久之後，在被運來的遺體當中，竟然發現了芽衣的父母……

被運進據點的鬼的遺體中混入了唾切的細菌，被其操控的屍體開始襲擊曾經的同伴。不具戰鬥力的援護部隊和傷者無力抵抗，京都分部因此陷入滅亡危機，於是花魁坂決定立即撤退。 四季與同伴一起對抗屍體的攻擊、協助眾人撤離，但這種不得不殺死曾經同伴的狀況令他深感憤怒。同時，無陀野正率領鬼部隊與唾切等人交戰。得知四季等人現狀的無陀野打算帶部隊趕回京都分部，卻被蓬所製造的巨大箱子困住。 更糟的是，唾切創造出的怪物「阿栗」犧牲自己爆破了整個箱子……

援護部隊總隊長花魁坂京夜與皇后崎，和入侵京都分部的唾切、蓬不期而遇。花魁坂下達指令，要皇后崎撤退。然而，蓬卻利用桃之力造出巨大的黑色箱子，將京都分部團團圍住。與此同時，與四季等人會合的皇后崎也發現逃生路線已被封鎖。唾切釋放的怪物「亞骨利」現身，開始襲擊鬼機關眾人，使援護部隊陷入混亂。此時，漣水雞與手術岾轆轤逃進了一間小房間，但仍被一隻亞骨利追上。失去戰意的轆轤告訴水雞只能靠她了，而水雞則發揮全力以赴的天性，施展「血蝕解放」，正面迎擊亞骨利。

受到亞骨利襲擊的四季一行人走散了。漣水雞雖用血蝕解放擊倒了一隻亞骨利，但依舊被接連出現的亞骨利不斷追殺。目睹這一切的手術岾轆轤驚恐不已，什麼都做不了。為什麼自己會變成這樣呢？他回憶起已故的初戀對象瑠瑠，正是因為她，自己才能夠保持堅強。但自己現在這副模樣，哪怕去了天堂也沒有臉去見她。想到此處，轆轤決定鼓起勇氣，參與戰鬥。另一方面，與芽衣一起逃跑的四季也陷入激戰。芽衣已經放棄一切，認為自己和父母一樣注定會死去。面對如此絕望的芽衣，四季鼓勵她要同絕望作鬥爭。同時，他也想到自己應該戰鬥，於是便將芽衣藏了起來，奮起反攻。

唾切向四季宣告自己即將使出全力，接著他打開棺材，裡面出現了一位桃太郎。目睹對方竟不惜將夥伴都變成人偶的四季感到十分憤怒，而唾切則告訴他這具屍體是自願成為人偶的。唾切利用桃太郎人偶的力量控制重力，將四季逼入絕境。另一方面，回到京都分部的無陀野面對被蓬封鎖的入口，思考著對策。如果無陀野強行破壞封鎖，地面會隨之崩塌，地上的居民就會被埋入地下。這時，學生遊摺部從兒和帆稀也來到了現場。帆稀利用自己的能力製造地震，藉此來疏散周圍的人群。與此同時，皇后崎和蓬的戰鬥也越發膠著，皇后崎被蓬的戰術壓制，最終被困在了箱中。

當鬼與桃太郎在京都激戰正酣的時候，五月雨的身影出現在了桃太郎機關位於東京的總部。面對21部隊隊長・桃嚴深夜的挑釁，五月雨好似置若罔聞，但他卻宣佈「鬼神之子」之一的四季必須由自己親手殺死。另一邊，唾切的目標也正是捕獲這位鬼神之子，他想要活捉四季來進行研究，因此毫不留情地對四季發動攻擊。四季耗盡血液倒地，唾切意欲當著他的面殺死芽衣，並嘲笑芽衣的父母是為了保護她而犧牲。此時，徹底陷入絕望的芽衣聽見了四季的呼喊。雖然血液與力量都已耗盡，四季卻仍然渴望自己能夠擁有保護芽衣的力量。一瞬間，他的全身被龐大的烈焰包圍，而這就是火焰鬼神「炎鬼」的力量。

「炎鬼」覺醒後的四季，其力量勢如破竹。 儘管被巨大的烈焰所吞噬，唾切對鬼的殺意依舊毫不動搖。 這份殺意源自於他對被他操控的人偶，也就是曾引導自己走上這條路的桃太郎・桃部真中的誓言。 四季勉強擊敗了唾切，但京都分部已瀕臨崩塌。 他打算帶著芽衣第一時間逃離，卻因為體力耗盡而失去了意識。 另一方面，無陀野等人奮力追擊，將蓬逼入絕境。 無陀野認為被困於箱中的蓬已無力反擊，便決定優先救援同伴。 當他們趕到時，竟發現原本以為已經死亡的花魁坂正在為四季治療。 隔天，四季恢復意識，得知儘管付出了許多生命的代價，他們還是成功度過這場危機，迎來新的一天。

羅剎學園遭遇惡劣天氣。四季一行人結束修行，在浴場放鬆時，無陀野向他們宣佈將進行避難演練。作為演練的一環，所有人需要在體育館度過一晚。這次演練與平時嚴峻的任務不同，雖然大家保持著戒心，但還是一起享用了準備好的餐點。最後一份布丁引發了四季與皇后崎的爭執。原來，皇后崎非常喜歡甜食，他因此氣得差點與四季大打出手，但在無陀野的訓斥下化解了衝突。當晚，四季等人分為男女兩邊睡覺。男生這邊開始講鬼故事，實際上非常怕鬼的四季則努力忍耐著。忽然，燈光熄滅。皇后崎指向的地方，浮現出一個白色的身影......。

四季等人來到練馬區星之陸，參觀東京鬼機關的各部隊。四季獨自溜出隊伍，在廟會上與警察神門相遇，兩人相談甚歡。應無陀野的命令而變裝的四季，以假名字「夏」與神門相約再見。當神門回到工作崗位時，上司深夜正在等待他。實際上，警察的身分只是為了調查方便而做的偽裝，神門的真實身分是21部隊的副隊長——桃寺神門。第二天，四季與夥伴們聆聽偵察部隊成員・並木度馨的介紹，並陸續參觀醫療部隊與戰鬥部隊。之後，四季依無陀野的指示單獨行動。他先前往醫師兼研究員・瑪麗亞紀的家進行抽血檢查，隨後與神門一同出遊。在看完一部描述朋友成為敵人的電影後，神門問四季，如果身處相同情況，他是否會對朋友開槍？

桃太郎監視網偵測到皇后崎在街上使用血蝕解放，於是四季等人被迫避難，與無陀野躲入鬼機關練馬分部的祕密據點。桃太郎機關開始著手抓捕皇后崎，正好在附近的深夜利用地下人脈協助搜尋，發現了正獨自行動的皇后崎後便設法布下陷阱。此時，皇后崎因擔心救助的少女的安危，瞞著同伴離開練馬分部，確認少女平安後被深夜的手下包圍。少女被當作人質挾持，皇后崎無力反抗，只能被帶去了對方的據點。深夜確認了此人正是變裝後的皇后崎，露出笑容，知道自己離目標——鬼神之子四季——更近了。