第1章【覺悟~與科美利亞的戰鬥~】 聖王曆767年12月5日，在半島有700年歷史的大國奧爾坦西亞王國突然遭到科美利亞公國的背叛。在叛亂發生三年後，歐貝魯領領主阿佛列與隨從馬利歐斯、前王國騎士莫里斯一同在高原初次參與戰鬥，但是面對科美利亞的宿敵魯基斯的右手羅伊，讓他們被迫陷入苦戰當中。初次上陣的阿佛列深感自己能力不足，於是來到父親費爾南多與家族的墳墓前發下誓言。

第2章【記憶~馬格尼亞的傳承~】 這一天，侍奉歐貝魯家的女僕諾諾莉亞，為了拯救村落的孩子柯尼與庫兒一同進入森林，卻在托隆洞裡迷了路。雖然在前來討伐魔物的阿佛劣等人幫助下平安生還，但接著出現在他們面前的，是有著狼人外表的魔物。根據馬格尼亞的傳承，該魔物能讀取闖入者的內心，將外表變換成那個人「最討厭的東西」。馬利歐斯、阿佛列，以及每個人內心回想起的記憶是……

第3章【鎮魂~前往被隔離的村落~】 由於接到奧爾坦西亞正教會騎士團總長蓋歐爾格的委託，阿佛烈等人前往佩特爾村進行調查，並在那裡遇見了正在跟魔物「活屍」──會走路的屍體戰鬥的男人戴夫羅特。為了各自的目的，阿佛烈一行人與該村落出身的戴夫羅特互相合作，一同找出了在馬格尼亞傳承中，能讓死人回歸塵土的「鎮魂花（雷裘耶姆花）」，用來對抗巨大活屍。戴夫羅特是為了祭拜家族和朋友才回到村落，而深深觸動他內心的，是父親最後的祈禱內容──

第4章【急轉~通往混亂的序曲~】 戴夫羅特加入後，阿佛烈一行人為了向蓋歐爾格報告佩特爾村的事情出發前往王都。他們途中遇到慘遭魔物襲擊過的商隊，並從載貨馬車中救了達伊拉帝國出身的雙胞胎。眾人抵達王都後，阿佛烈與莫里斯前去會見蓋歐爾格，魔物卻在這時突然現身襲擊大聖堂，使得兩人被捲入這場騷動。當他們趕到巴爾戴布隆教皇身邊時，眼前出現的光景讓情況變得更加混亂。

第5章【衝突~能守護的事物~】 在王都的襲擊大約一個月後，阿佛烈等人將蓋歐爾格的信函送達了奧利維亞，那裡曾是侍奉奧爾坦西亞王國的兩大公國之一。阿佛烈在那裡見到了已故里昂大公的女兒，目前負責治理奧利維亞領的亞黛兒海德。這時出現在奧利維亞領的教會騎士團部隊開始進行起「魔女狩獵」，接著科美利亞也揮軍侵略奧利維亞。敵將羅伊在與亞黛兒海德對峙後，只留下意味深長的話語就下令部隊撤退。這場衝突究竟有著怎樣的意義——

第6章【真偽~公主的重擔~】 阿佛烈一行人前往了有著馬格尼亞傳承「公主與巨人」的朱安島。這是因為島上出現了一名少女自稱是失蹤的瑪莉愛爾公主，而且還在召集義勇軍，所以一行人前去確認真相。義勇軍的領導吉姆，以及他扮演假公主的青梅竹馬瑪莉。馬利歐斯由於將瑪莉與自己重疊，使得他內心動搖。雖然瑪莉在經過阿佛烈等人說服後，答應要將真相公開，但是……這時達伊拉的雙胞胎及魔物突然現身，在千鈞一髮之際守護了馬利歐斯的究竟是——在真實與虛假的交錯中，馬利歐斯究竟會做出什麼決定呢？

第7章【困境~曝光的真相~】 聽說了草藥產地科肯村廢村的傳聞後，阿爾弗雷德、馬利歐斯、戴夫羅特及庫兒一行人為了確認真相前往了村子。得知這座村落從兩年前就被有所企圖的教會騎士團佔據後， 阿爾弗雷德等人在前祭司阿德爾的協助下，從地下水路進入了諾爾醫院。他們雖然得知了真相，但也陷入困境……

第8章【燈火~公主的回歸~】 經過科肯村的騷動，馬利歐斯被當成魔女逮捕，與阿爾弗雷德、戴夫羅特一痛被關進「費爾圖爾監獄監獄」。不過，兩人在莫理斯與庫兒的幫助下逃出監獄。眾人擊退等在外面的前王國騎士盧坎，動身前去拯救即將被處死的馬利歐斯。雖然因為黑騎士狄地埃陷入一籌莫展的危機，仍與聚集於此的夥伴們一同與他戰鬥。這一切都是為了奪回公主，點亮奧爾坦西亞王國未來的燈火。

第9章【魔女~通往過去的考驗~】 公主仍健在的消息瞬間傳遍了奧爾坦西亞王國。接著，為歷史帶來轉機的戰爭即將開始。瑪莉愛爾等人以奧利維亞作為據點一步一步完成舉兵的準備。在舉兵之日即將到來的某一天，瑪莉愛爾在亞黛兒海德的帶領下，前去與躲藏在奧利維亞某深山的少女拉克洛瓦見面。拉克洛瓦試著評斷公主的能力，並且說出與自己的職責、聖遺物以及「馬格尼亞」之力相關的事情。她的真實身分竟然就是教會在追尋的「魔女」。

第10章【決戰~通往解放的行軍~】 瑪莉愛爾公主率領的解放軍朝王都進軍，但科美利亞軍卻突然出現在他們面前。而阻止達伊拉雙胞胎莎莉亞及埃爾瓦繼續失控的人，竟然是羅伊。接著羅伊還向阿爾弗雷德發誓，不會對解放軍做出任何敵對行為。然而在科美利亞軍撤退的同時，裝備了火槍的新威脅襲擊了解放軍。率領敵軍的指揮官，是菲雷凱爾‧多瑞德諾特。

第11章【攻防~前往信念的盡頭~】 戰況處於上風，解放軍終於成功進入王都。雖然驅逐戰一路都非常順利，但蓋歐魯格總長卻擋在他們前面。而且即使使用地下通道前往王城，等在那邊的也是巴爾戴布隆教皇卑鄙的陷阱——大量的活屍。雙方的信念互相衝突，激烈的攻防不斷上演。阿爾弗雷德等人進入王城，並且一口氣衝向謁見大廳，然而在那裡看到的卻是…

第12章【約定~再次在黃昏的山丘上~】 聖王曆771年12月5日，進入王都的解放軍擊退教會騎士團，鎮壓了大聖堂。為了找出聖遺物所在地，以王城為目標的眾人，面對的是被用魔法呼喚回現世的里昂及費爾南多。亞黛兒海德、莫里斯各自負責面對他們，將接下來的戰鬥託付給阿爾弗雷德和公主。兩人雖然終於抵達教皇巴爾戴布隆所在的謁見大廳，但教皇運用馬格尼亞之力呼喚出魔神，並以壓倒性的力量將他們逼入絕境。就在這時，一名男人現身協助了他們。