偵探已經，死了。

第1話【請問在場有沒有從事偵探的旅客？/ 青春戀愛喜劇，開演】 萬米高空中的飛機被劫機了。少年．君塚君彦被自稱是偵探的謎樣少女．希耶絲塔指名為助手，一同前往駕駛艙。駕駛艙中一位自稱代號叫蝙蝠的男人挾持機長為人質，要求希耶絲塔推理出他劫機的理由。

第2話【我現在也一直惦念著】 與希耶絲塔死別後1年，君塚已完全沉浸在日常生活之中，有天同年級的少女．夏凪渚出現，委託他協助尋找身分不明的人物Ｘ。君塚為了完成她的委託請求加瀨風靡警官的協助，風靡帶他們來到監獄，在此，君塚與過去決一死戰的對手．蝙蝠再度見面。

第3話【那就是唯喵的才能】 突然出現在君塚和夏凪眼前的國中生偶像．齋川唯。她收到一封寫著「在巨蛋演唱會當天將收下市價30億日幣的藍寶石」的信。君塚和夏凪決定繼承希耶絲塔的遺志，於是接受了齋川的委託。但在演唱會前一天的彩排上，忽然出現神秘男子接近站在舞台上的齋川……。

第4話【那雙眼眸看見的是】 「齋川在說謊。」君塚看穿犯人真正目的不是寶庫倉庫中的藍寶石項鍊，而是齋川本人，因而在巨蛋演唱會當天與夏凪一同趕往會場。兩人在演出正熱烈的會場中搜尋潛身其中的犯人，但卻徒勞無功。君塚越來越焦急，關鍵時刻也一步步地逼近了

第5話【那是為了一年後的未來說的話】 故事的舞台為一年前。當時連續發生人類的心臟被啃食的詭異事件。希耶絲塔和君塚察覺事件是秘密組織SPES的成員地獄三頭犬引起的，於是訂定了誘餌搜查計畫。擔任誘餌的君塚制伏闖入全黑房間的人影，卻發現來人竟是崇拜希耶絲塔的少女．夏露。

第6話【紅蓮的惡魔，冰之女王】 希耶絲塔和君塚成功戰勝忽然現身的SPES最高幹部．海拉，然而希耶絲塔也在戰鬥中受了要靜養２週才能治好的傷勢。君塚出門買東西時在小路中遇見睡在紙箱中的少女．愛莉西亞。一問之下才發現原來愛莉西亞沒有至今的記憶……。

第7話【當某日想起這一天時】 君塚得在希耶絲塔療養期間陪成為代理偵探的愛莉西亞一起尋找「藍寶石之眼」。時光飛逝，３人一起來到餐廳慶祝希耶絲塔康復，希耶絲塔說希望君塚實現說好的補償，朝他遞出了玻璃杯…喝著喝著天色也越來越晚，回到房間後，希耶絲塔拍拍床鋪對君塚說「你過來這邊坐嘛」……。

第8話【於是再度踏上旅程】 君塚和希耶絲塔發現之前見到的風靡是假貨，就在為此事實感到動搖的期間，事件出現了第五個犧牲者。希耶絲塔一心為了打倒海拉選擇不擇手段，君塚則希望尊重遺族的心情，兩人的想法出現了分歧。而3天後，這回變成愛莉西亞捲入了事件之中。雖然看見愛莉西亞沒有大礙讓君塚鬆了口氣，卻也讓他注意到不願接受的現實……。

第9話【SPES】 君塚、希耶絲塔和夏露三人為了救回愛莉西亞，終於抵達SPES的大本營。君塚和夏露與希耶斯塔分兩路行動，與SPES的首領”席德”對峙，並且得知SPES的真正身分。與此同時，希耶絲塔再次見到海拉，嘗試要搶回愛莉西亞。

第10話【所以我才當不了偵探】 君塚和夏凪本打算實現「一起去海邊玩」的約定，卻想不到因為跟齋川的價值觀迥異，變成在她的招待下搭上前往愛琴海的郵輪之旅。三人享受著郵輪旅行，卻在船上碰到君塚過去的同伴夏露。原來夏露是來調查據說沉睡在這艘郵輪中的「希耶絲塔的遺產」的。而隔天早上，船上就忽然播出了令人不安的廣播。

第11話【希望之中的光芒】 雖然好不容易救出了夏凪，但君塚不得不與變色龍對峙面對敵人的猛攻。好不容易在夏露助陣下將敵人逼入絕境，但變色龍一擊打穿甲板，將君塚一同摔入船艙。意識矇矓中，君塚想起與希耶絲塔死別那天的記憶……。

第12話【與你一同度過的那令人目眩神迷的3年】 君塚揮出的拳頭正要打到變色龍的瞬間，一顆從天花板上設出的子彈貫穿了變色龍。站在那裡的人毫無問地是「名偵探」。「你來當我的助手吧。」時隔４年的這句呼喚，喚起君塚在萬呎高空上的懷念記憶。於是名偵探與她的助手邊聊起過往種種，邊一起將槍口對準了變色龍。