蔚藍檔案 The Animation

全校僅有5名學生。被沙漠包圍的阿拜多斯高中正面臨著廢校的危機。 為了擺脫這個情況，隸屬「對策委員會」的5名學生每天都過著忙碌的生活。 有一天，名為白子的學生遇見了一位大人。他是從聯邦學生會被派遣過來的「老師」。

與老師相遇之後，對策委員會的所有成員終於有了阻止學校廢校的希望。在擊退了步步緊逼的頭盔團之後，這個念頭也逐漸開始膨脹。 然而，身為對策委員會成員之一的茜香卻沒辦法認可老師。 這時，她突然陷入了危機之中……！？

即便眼前的問題得到了解決，對策委員會和老師仍然還是對龐大的債務嘆息不已。想不出解決方案的一行人進入了拉麵店，並與一群自稱亡命之徒的「便利屋68」的女孩一拍即合。 然而第二天，「便利屋68」卻突然開始襲擊阿拜多斯高中……！？

為追蹤之前襲擊阿拜多斯的頭盔團的線索，對策委員會的成員們決定前往以無法地帶聞名的「黑市」。 在他們與偶然遇見的三一綜合學園的學生「日步美」一起進行調查時，他們發現自己償還的債務很有可能流向了地下銀行。這時候，白子突然提議要「搶銀行」……！？

襲擊阿比多斯失敗後，便利屋68選擇推進下一個計畫。作為社長兼領導者的亞瑠，正在與自己所描繪的理想相去甚遠的現實中掙扎。 與此同時，離開黑市的白石等人決定放棄她們意外獲得的鉅款。此時，茜香打工的地方「柴關拉麵」突然發生了一件很可怕的事。

出現在白子等人面前的是格黑娜學園的風紀委員會。她們的目的是逮捕她們學校的問題兒——便利屋68。 儘管她們提出由她們來處置便利屋68的要求，對策委員會仍拒絕了她們的提議，因為她們沒辦法將炸毀柴關拉麵的便利屋68拱手相讓。 面對態度強硬的風紀委員會，對策委員會和便利屋68所採取的行動究竟是……

結束與風紀委員會的戰鬥，並且與便利屋68告別之後，阿拜多斯終於回歸了日常生活。 在這種情況下，前往拜訪因爆炸而受傷的柴關拉麵店長的對策委員會少女們，得知了一個令人震驚的事實。另一方面，星野露出了不同以往的一面，並且似乎在思考些什麼。她在心中反覆思考的事情，究竟是……

在星野的提議下，對策委員會的所有成員要和老師一起去水族館遊玩。她們度過了一段平靜的時光，彷彿之前的戰鬥從未發生過一般。 星野似乎也和大家一樣享受著這段時光，但是白子卻感到了些許怪異。她決定採取某個行動……

對策委員會突然得知「阿拜多斯的土地並不屬於阿拜多斯高中」的這個事實。 成為土地所有者的凱薩集團究竟打算做什麼呢？為了尋找線索，白子等人一同前往阿拜多斯沙漠。等待著他們的究竟是……

星野留下的信中，記載著她的過去和思緒。 正當白子要去追星野時，凱薩公司襲擊了阿拜多斯高中。對策委員會在突如其來的攻擊下陷入困境，這時「她們」突然出現在他們的面前。

戰鬥結束後，老師獨自前往黑色西裝人的所在之處。 對於為了拯救星野而前來的他，黑色西裝人向他伸出手，詢問他是否願意與他合作。 老師的答覆，以及對策委員會的答覆。當這兩個答覆湊齊時，最後的戰鬥已步步逼近。

做好萬全的準備後，阿拜多斯對策委員會和老師抵達了沙漠。 另一方面，在被俘虜的星野的腦海中，有一個想法時隱時現。 為了她們的學校和未來，最後的戰鬥即將分出勝負。