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不死怪物・卡巴內襲擊了顯金驛。在顯金驛生活的蒸氣鍛冶青年・生駒，他打算用自己祕密開發的武器－－貫筒 ，與卡巴內戰鬥。為了他的過去與自尊而戰。
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好不容易得救的生駒，朝著顯金驛剩下的唯一一輛駿城－－甲鐵城的方向前進。另一方面，在從卡巴內中存活下來的菖蒲一行人面前，出現一名年幼少女・無名。
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逃出顯金驛的甲鐵城，朝向幕府的要塞－－金剛郭前進。甲鐵城裡的人們很快就起了內部紛爭，希望將生駒等卡巴內里趕出去。
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生駒和無名被民眾關在最後一列車廂裡，這也代表著甲鐵城的戰力變弱了。
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在被卡巴內攻陷的八代驛中，甲鐵城收容了倖存者。倖存者中，有無名以前認識的榎久。他指責已習慣甲鐵城的無名變弱了。
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甲鐵城因巨大的卡巴內聚合物－－黑煙，而在線路上動彈不得。另一方面，生駒和無名掉入了廢棄驛的底部，被卡巴內包圍，無名被壓在瓦礫下，陷入求救無援的絕望。
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從顯金驛逃出來後，甲鐵城終於來到有人居住的驛－－倭文驛。生駒一行人出門採買，享受那早已消逝的平安。
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無名憧憬的兄長大人，是率領狩獵卡巴內的特殊部隊－－狩方眾的美馬。 然而，人人所稱讚的英雄美馬，生駒卻無法信任他。
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甲鐵城抵達金剛郭前的最後一道要塞－－磐戶驛。 幕府警戒著非常有民望的美馬，而打算關閉前往金剛郭的路。 美馬要求與磐戶驛的領主會談……。 美馬與狩方眾的倒幕行動，終於開始了。
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甲鐵城與克城連結，逞生一行人受到狩方眾嚴厲的管理，甚至被強迫取血。 陷入絕望的人們，生駒仍不放棄而開始策劃著反攻作戰。
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美馬的父親，是現任將軍・興匡，兩人闊別十年重縫了。 美馬在暗中準備讓無名變成鵺；另一方面，好不容易撿回一條命的生駒，卻失去了信心與氣勢，陷入身心俱疲的狀態。
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美馬的計謀、變成鵺的無名，以及混進金剛郭的卡巴內，使金剛郭開始崩壞。 此時生駒抵達金剛郭，為了救出無名，他自願再次改造自己的身體，踏入滿是敵人的金剛郭。
