科學小飛俠

由於科學小飛俠的活躍表現，黯然敗北的無名主宰，綁架了一名染色體異常的孩童，並讓他急速成長，將他任命為新首領--杜蘭莎。

面對武神像迎面襲來的攻擊，一個神秘的身影適時替小飛俠們解危。歐俊也被白羽手裡劍打倒。鐵雄等人再次回想起有關大明的記憶。

一卷警示惡魔黨基地建設計劃的錄音帶，被送到了國際科學技術廳。科學小飛俠根據錄音帶內，酷似大明聲音所提供的線索，前往弗蘭茲魯斯。

惡魔黨在戴拉沙漠地底建設的秘密基地意外發生大爆炸。鄰近的城市受到影響，發生了大地震。

大約三萬五千年前滅絕的原始人在現代復活，他們摧毀了叢林地區富爾吉尼亞的村莊。科學小飛俠前往村莊調查，發現之前認識的移民家庭藤堂一家中，只有年幼的兒子倖存。

地中海洛德島南方海面，接連發生飛機與船隻失蹤的事故。這片海域中散佈許多無人島，而其中心正是由伊吉普特財團，以金字塔能量系統實用化為目標，所建設的金字塔都市。

無名主宰開發了能快速成長並且攻擊人類的宇宙植物「蕾達」。然而，在最終實驗過程中，由於隊員的失誤導致一顆種子遺失。

為了調查觀測衛星連續消失的真相，珍珍與阿丁搭乘天文觀測衛星前往現場。然而，觀測衛星卻被突如其來的黑色巨大移動要塞擄走了。

科學小飛俠在北極海發現了惡魔黨的基地，駕駛新鳳凰號出動。察覺此事的杜蘭莎朝科學小飛俠的航道發射飛彈，並且自信地以為勝券在握。無名主宰看著杜蘭莎，想起過去的部下皮爾。於是他提出忠告，要杜蘭莎不可大意。

南國的島嶼突然遭受猛烈暴風雪襲擊，數萬人凍死。在近海偵察的阿龍，座機受潮流影響而故障，被沖到某座島上。阿龍在島上遇到了專門捕鯊魚的老人羅科。

鐵雄與阿丁在去觀賞潛水艇下水儀式的途中，坐上了一名叫茱莉亞的女性的車。然而，三人抵達港口時，卻捲入了惡魔黨機械烏鴉的無差別攻擊，茱莉亞因此受傷。

各國的天文台與氣象觀測設施遭到不明飛行物體攻擊。在宇宙通訊學領域的科學家接連遭到暗殺之際，重量級學者卡辛古博士也因科學小飛俠來遲，不幸身亡。

單獨潛入惡魔黨基地的大明，遇到了神秘女子凱西。她自稱是「大明的影子」，並告訴大明，敵人主力部隊已經轉移到位於火山地帶的維蘇威市。

疑似外星人的太空船飛抵地球，並與國際科學技術廳取得聯繫。然而，從降落的太空船中現身的卻是一個月前，在與惡魔黨的戰鬥中身亡的博爾格少校。

不明飛行物體墜落在某個南國的山區。前去調查的阿龍在墜落現場附近發現房屋被燒毀，空無一人的荒涼村莊。此時，阿龍遇見了一位名叫優香的少女，並對她一見鍾情。

惡魔黨的逃兵將極機密檔案帶進國際科學技術廳。為了破譯密碼，大明被指派將檔案運送至昂格雷研究所。惡魔黨發現此事後，對大明的車子發動襲擊。

海洋實驗都市席特蘭遭到惡魔黨的巨大機械獸攻擊。幸運的是，都市最高負責人席斯基博士因為外出逃過一劫。他的女兒蜜莉是珍珍的兒時玩伴，卻並未出現在倖存者之中。

停放在火箭基地機庫的太空聯絡艇發生故障，珍珍與阿丁前往修理。然而，在珍珍一個不留神的瞬間，一名少女將槍指向阿丁，使他不得不放開安全裝置的按鈕。

阿龍懷疑大明獨自偷騎機車外出，於是悄悄跟蹤他。卻在追到奧西亞地區的荒野時失去了大明的蹤影。就在此時，突然出現的神秘光芒向阿龍逼近，將他吞噬了。

度假勝地十疊島瞬間沉入海中。為了查明原因，珍珍在附近島嶼搜尋時發現了一名受傷的女性。然而，這是惡魔黨設下的陷阱，珍珍因此被俘。

鐵雄為了參加飛行學校的同學會，駕駛噴射機前往設在同學卡爾家中的會場。不過，這同時也是一次潛入調查，因為有情報顯示，財閥總裁卡爾正在密謀征服世界。

發生了一起兩萬人突然死亡的離奇事件。事件發生的同時，阿丁與阿龍前往檢測到輻射的地點調查，並在那裡遇見了一群熱愛UFO的少年。

北極發生地震和磁暴，漁船與調查隊皆受害。同一時間，鐵雄得知恩師下村老師將挑戰獨自前往北極點的消息，便試圖阻止。但是下村不聽勸告，駕著狗拉雪橇啟程了。

受到惡魔黨進行太陽移動裝置實驗的影響，奧利市的所有電腦系統失控，引發一連串災難。接近城市的新鳳凰號和小飛的機能也出現異常，連大明的身體也開始出現異常變化。

隕石群在摧毀太空探測船的同時墜落地球，並且沉入海底。科學小飛俠出動回收隕石，隕石卻被惡魔黨搶先一步奪走。大明追查隕石下落，在一座島上遇見神秘戰鬥集團，然而他們其實是被羅菲博士改造的改造人。

地函能量採集工廠發生事故。南宮博士忙於收集調查資料無法分身，科學小飛俠便前往機場迎接將成為博士助手的潘杜拉博士。令人驚訝的是在機場才發現這位素未謀面的博士，竟然是一位美麗的女性。

在地函能量採集工廠的事故調查中，南宮博士遭到不明人士槍擊。在南宮陷入垂危之際，趕赴現場的科學小飛俠，改由秘書潘杜拉接手指揮並下達指令。她利用腦波探測器「心靈雷達」偵測到企圖襲擊南宮的敵人腦波，並命令科學小飛俠出動。

大明駕車奔馳在夜路上，遭到一名神秘女性騎士襲擊。不知為何那名女子手上也有白羽手裡劍，她對大明說「想知道為何被盯上，就去問白羽手裡劍」，話一說完她就後消失在街頭。另一方面，科學小飛俠接獲國際防衛軍戰車部隊全滅的消息，隨即出動。

惡魔黨以特殊光線攻擊大都市。國際科學技術廳查出光線的發射基地位於喜馬拉雅K3峰北壁頂端。如果不攀登吹著暴風雪的極寒絕壁，便無法抵達該處。

阿龍接到弟弟誠治通知，得知父親受傷，南宮命令他返鄉探望。在返鄉途中，阿龍發現海底有異常氣體噴出，但在南宮的體諒下，他還是先趕往家人的身邊。

配合強化「老鷹號」衝入大氣層的功能，鐵雄進行了耐久飛行測試。測試順利完成後，鐵雄悠閒地享受空中飛行時光，卻被惡魔黨發現並擊落。

為了調查遺跡挖掘隊失蹤事件，科學小飛俠偽裝成印第安人潛入安地斯。他們嘗試與掌握情報的國際科學技術廳情報員接觸，但鐵雄在路過的村莊飲用了被混入化學物質「BET235」的飲料，導致喪失了全部記憶。

一場大地震使紐久克市毀滅。前往調查的大明、珍珍與阿龍三人，在大教堂地下發現了能引發地震的惡魔黨飛彈。但是，飛彈突然啟動，衝擊導致大教堂崩塌，三人被活埋。

由於亞馬遜河氾濫，發生了改變地形的大災害。阿丁在調查河流時遭到神秘機械獸的攻擊，跌入河中，遭到食人魚襲擊時，被當地的孩子們救了一命。

某日，大明遇見了一對父子，並與他們建立了友好關係。然而，這個父親如今雖然過著平靜的生活，但他卻曾是皮爾麾下的惡魔黨隊員。

地底都市的工業區突然爆炸，使得原本不該檢測到的大量輻射污染了都市。鐵雄加入調查隊，與地底都市計畫發起人梅莉博士的丈夫霍林博士一同前往地底都市。

阿丁接下運送探測器到幸運山脈的國際科學技術廳秘密研究所的任務。然而途中，他看到美洲獅母子因為地震跌落到山谷底，便中斷任務，救出倖存的小獅子。

有漁船在傳說中龍棲息的龍之島近海遭到襲擊。前去島上調查的國際科學技術廳情報員遭到殺害，科學小飛俠因此出動。可是，惡魔黨的鐵魔龍自海中出現，利用強力電磁波擊敗了新鳳凰號。

科學小飛俠在直布羅陀海峽附近調查神秘核實驗時，突然遭遇核爆襲擊。單獨行動的大明追蹤惡魔黨來到安達魯西亞的城市，但他也因爆炸衝擊受了傷。

阿古里卡的自然動物園邀請兒童參與，動物腦波解讀裝置的實驗。但是在實驗進行當中，惡魔黨派出的特務企圖襲擊南部博士，在現場安裝炸彈，導致動物們遭到了無妄之災。