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在科學小飛俠的奮戰之下，秘密組織惡魔黨曾一度被徹底消滅。然而，原本應該飛往宇宙彼方的幕後至主謀無名主宰卻再度侵略地球。他命令新的僕人杜蘭莎為首領，並且復活惡魔黨。為了從捲土重來的惡魔黨魔掌中拯救世界，科學小飛俠駕駛新型航空母艦「新鳳凰號」，挺身迎戰！
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24分
第1集【無名主宰的反擊】
24分由於科學小飛俠的活躍表現，黯然敗北的無名主宰，綁架了一名染色體異常的孩童，並讓他急速成長，將他任命為新首領--杜蘭莎。
24分
第2集【神秘的白羽手裡劍】
24分面對武神像迎面襲來的攻擊，一個神秘的身影適時替小飛俠們解危。歐俊也被白羽手裡劍打倒。鐵雄等人再次回想起有關大明的記憶。
24分
第3集【地獄黑騎士】
24分一卷警示惡魔黨基地建設計劃的錄音帶，被送到了國際科學技術廳。科學小飛俠根據錄音帶內，酷似大明聲音所提供的線索，前往弗蘭茲魯斯。
24分
第4集【大明回來了!?】
24分惡魔黨在戴拉沙漠地底建設的秘密基地意外發生大爆炸。鄰近的城市受到影響，發生了大地震。
24分
第5集【神秘原始人襲來】
24分大約三萬五千年前滅絕的原始人在現代復活，他們摧毀了叢林地區富爾吉尼亞的村莊。科學小飛俠前往村莊調查，發現之前認識的移民家庭藤堂一家中，只有年幼的兒子倖存。
24分
第6集【衝擊的金字塔力量】
24分地中海洛德島南方海面，接連發生飛機與船隻失蹤的事故。這片海域中散佈許多無人島，而其中心正是由伊吉普特財團，以金字塔能量系統實用化為目標，所建設的金字塔都市。
24分
第7集【恐怖的變異體作戰】
24分無名主宰開發了能快速成長並且攻擊人類的宇宙植物「蕾達」。然而，在最終實驗過程中，由於隊員的失誤導致一顆種子遺失。
24分
第8集【月世界的火鳥】
24分為了調查觀測衛星連續消失的真相，珍珍與阿丁搭乘天文觀測衛星前往現場。然而，觀測衛星卻被突如其來的黑色巨大移動要塞擄走了。
24分
第9集【皮爾的滅亡】
24分科學小飛俠在北極海發現了惡魔黨的基地，駕駛新鳳凰號出動。察覺此事的杜蘭莎朝科學小飛俠的航道發射飛彈，並且自信地以為勝券在握。無名主宰看著杜蘭莎，想起過去的部下皮爾。於是他提出忠告，要杜蘭莎不可大意。
24分
第10集【赤道的暴風雪】
24分南國的島嶼突然遭受猛烈暴風雪襲擊，數萬人凍死。在近海偵察的阿龍，座機受潮流影響而故障，被沖到某座島上。阿龍在島上遇到了專門捕鯊魚的老人羅科。
24分
第11集【爭奪!海鈽600元素】
24分鐵雄與阿丁在去觀賞潛水艇下水儀式的途中，坐上了一名叫茱莉亞的女性的車。然而，三人抵達港口時，卻捲入了惡魔黨機械烏鴉的無差別攻擊，茱莉亞因此受傷。
24分
第12集【羅菲博士的秘密】
24分各國的天文台與氣象觀測設施遭到不明飛行物體攻擊。在宇宙通訊學領域的科學家接連遭到暗殺之際，重量級學者卡辛古博士也因科學小飛俠來遲，不幸身亡。
24分
第13集【大明的奇遇】
24分單獨潛入惡魔黨基地的大明，遇到了神秘女子凱西。她自稱是「大明的影子」，並告訴大明，敵人主力部隊已經轉移到位於火山地帶的維蘇威市。
24分
第14集【宇宙的空中大鯊魚】
24分疑似外星人的太空船飛抵地球，並與國際科學技術廳取得聯繫。然而，從降落的太空船中現身的卻是一個月前，在與惡魔黨的戰鬥中身亡的博爾格少校。
24分
第15集【純情的阿龍】
24分不明飛行物體墜落在某個南國的山區。前去調查的阿龍在墜落現場附近發現房屋被燒毀，空無一人的荒涼村莊。此時，阿龍遇見了一位名叫優香的少女，並對她一見鍾情。
24分
第16集【迷惘的大明】
24分惡魔黨的逃兵將極機密檔案帶進國際科學技術廳。為了破譯密碼，大明被指派將檔案運送至昂格雷研究所。惡魔黨發現此事後，對大明的車子發動襲擊。
24分
第17集【惡魔的方程式】
24分海洋實驗都市席特蘭遭到惡魔黨的巨大機械獸攻擊。幸運的是，都市最高負責人席斯基博士因為外出逃過一劫。他的女兒蜜莉是珍珍的兒時玩伴，卻並未出現在倖存者之中。
24分
第18集【不回應的太空船】
24分停放在火箭基地機庫的太空聯絡艇發生故障，珍珍與阿丁前往修理。然而，在珍珍一個不留神的瞬間，一名少女將槍指向阿丁，使他不得不放開安全裝置的按鈕。
24分
第19集【異次元空間的陷阱】
24分阿龍懷疑大明獨自偷騎機車外出，於是悄悄跟蹤他。卻在追到奧西亞地區的荒野時失去了大明的蹤影。就在此時，突然出現的神秘光芒向阿龍逼近，將他吞噬了。
24分
第20集【G要塞危在旦夕】
24分度假勝地十疊島瞬間沉入海中。為了查明原因，珍珍在附近島嶼搜尋時發現了一名受傷的女性。然而，這是惡魔黨設下的陷阱，珍珍因此被俘。
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25分
第21集【青春折翼】
25分鐵雄為了參加飛行學校的同學會，駕駛噴射機前往設在同學卡爾家中的會場。不過，這同時也是一次潛入調查，因為有情報顯示，財閥總裁卡爾正在密謀征服世界。
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25分
第22集【神秘的巨石陣】
25分發生了一起兩萬人突然死亡的離奇事件。事件發生的同時，阿丁與阿龍前往檢測到輻射的地點調查，並在那裡遇見了一群熱愛UFO的少年。
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25分
第23集【消失在北極的愛】
25分北極發生地震和磁暴，漁船與調查隊皆受害。同一時間，鐵雄得知恩師下村老師將挑戰獨自前往北極點的消息，便試圖阻止。但是下村不聽勸告，駕著狗拉雪橇啟程了。
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25分
第24集【大明的疑惑】
25分受到惡魔黨進行太陽移動裝置實驗的影響，奧利市的所有電腦系統失控，引發一連串災難。接近城市的新鳳凰號和小飛的機能也出現異常，連大明的身體也開始出現異常變化。
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25分
第25集【改造人的悲哀】
25分隕石群在摧毀太空探測船的同時墜落地球，並且沉入海底。科學小飛俠出動回收隕石，隕石卻被惡魔黨搶先一步奪走。大明追查隕石下落，在一座島上遇見神秘戰鬥集團，然而他們其實是被羅菲博士改造的改造人。
