鋼之鍊金術師 BROTHERHOOD

前國家鍊金術師，在伊修瓦爾殲滅戰後轉而進行反政府活動的男子「冰凍之鍊金術師」艾薩克‧馬可度加魯，出現在中央。「焰之鍊金術師」羅伊‧馬斯坦古與擁有機械鎧手腳的少年「鋼之鍊金術師」愛德華‧愛力克，以及其弟弟阿爾馮斯，奉大總統金格‧布拉德雷之命前往緝捕。艾薩克在殺人的同時、卻也另有所圖似地在中央暗地活動，其目標究竟是…？

愛德與阿爾為讓溫柔的母親復活，挑戰被視為最大禁忌的「人體鍊成」，然而等待著兩兄弟的卻是過於巨大的代價。有一天，一名軍人出現在陷入絕望深淵的兩兄弟面前，他給這兩兄弟建議就是成為國家鍊金術師。為取回失去的東西，愛力克兄弟展開漫長的旅途！

愛德與阿爾聽說里歐爾有個使用「奇蹟之術」的教主而來到此地。該名雷托教教主柯奈洛所施展的鍊金術，竟違背等價交換的原則。為了探查真相，愛德與阿爾藉由當地認識的少女羅賽引領下與柯奈洛見面。

羅伊介紹「綴命之鍊金術師」修‧塔克給愛德與阿爾認識，塔克是在兩年前成功鍊成懂人話合成獸的活體鍊成權威。在愛德與阿爾到塔克家尋找資料的期間，也與他女兒妮娜變得很要好。另一方面，面臨一年一度的國家鍊金術師查核日，則讓塔克感到相當焦慮。

令亞美斯多利斯全國騷動，神出鬼沒、專挑國家鍊金術師殺害的神秘人物「傷痕男（斯卡）」出現在東都。愛德與阿爾在城裡巧遇斯卡，就遭到斯卡的攻擊、毫無轉圜的餘地。斯卡的驚人武術與不可思議的「破壞的右手」，讓愛德與阿爾無法招架…。

為修復損壞的機械鎧，愛德、阿爾與阿姆斯壯一起回到故鄉利塞布爾。當他們在中途的車站休息時，阿姆斯壯偶然看到一名男子。這名男子叫馬可醫生，過去在軍方的研究所，研究應用在醫療方面的鍊金術，伊修瓦爾內亂後卻突然失蹤。愛德一行人前往拜訪馬可，得知原來他曾奉軍方命令研究過「賢者之石」的驚人事實。

愛德與阿爾來到國立中央圖書館第一分館尋找馬可的研究資料，但他們看到的分館卻已完全燒毀。為確認馬可的資料是否放在分館裡，在羅斯少尉的安排下，去見一名據說精通分館資料的少女‧榭絲卡。她證實那些資料確實是放在已經燒光的分館。正當愛德等人為此感到沮喪時，榭絲卡提出一個意外的妙計。

為探查賢者之石真相而潛入第五研究所的愛德，發現畫在地上的賢者之石鍊成陣。此時，身著盔甲的男子‧48號向愛德襲擊。另一方面，在研究所外等待愛德的阿爾，也遭到66號的攻擊。在激戰當中，他們發現一個意外的事實。原來48號跟66號竟和阿爾一樣，都是靈魂附著於盔甲上。

愛德在第五研究所的戰鬥中不僅損壞了機械鎧，身體也受重傷，立刻聯絡在利塞布爾的溫莉前來中央修理機械鎧。此時，阿爾因巴利的一句話而心亂如麻。「自己的靈魂跟記憶，是否都是哥哥假造出來的？」－揮之不去的疑惑漸漸擴散開來，甚至影響他們從未動搖的兄弟之情…。

愛德與阿爾在病房裡，將第五研究所發生的始末告訴阿姆斯壯與休斯等人。人肉柱子、賢者之石的鍊成陣，以及擁有銜尾蛇刺青的一些人…但仍是謎團重重。此時，大總統布拉德雷突然出現在他們面前。他告訴愛德等人，即使是大總統也無法掌握軍方內部不太穩定的情形，並要求他們在事件明朗前不得輕舉妄動。雖然得到忠告，但敵人的魔爪仍伸向意外的人物…。

在溫莉的強烈要求下，愛德與阿爾也一起來到機械鎧技師的聖地「拉修巴雷」。沒想到抵達後不久，作為國家鍊金術師證明的銀懷錶卻被名叫帕妮孃的少女偷走了。但也因此，愛德等人與帕妮孃，以及幫帕妮孃製作機械鎧雙腳的多明尼克、與他的家人產生意外的互動。溫莉看到多明尼克的機械鎧技術後，馬上表明希望拜他為師。就在此時，原已懷孕的多明尼克兒媳‧莎特拉，突然要生產了。

愛德與阿爾抵達達普利斯後，與久違的師父伊茲米重逢。在見到伊茲米沒多久，就從她口中得知父親霍恩海姆的消息。當晚，愛德想起第一次見到伊茲米時的事。母親過世後不久，愛德與阿爾為磨練自己的鍊金術，而死纏著伊茲米要收他們為徒；沒想到等待著兩人的，卻是為期一個月的無人島求生訓練。兄弟倆是否能找出伊茲米所言「一即是全，全即是一」的答案呢？

羅伊終於調動到中央去。另一方面，被人造人打成重傷的斯卡，也正準備前往中央。此時，為找回真理之門的記憶而待在伊茲米家的阿爾，遇到一群宣稱知道阿爾秘密的詭異人士。他後來才發現，原來這些人全都是合成獸…。

在伊茲米的闖入下，讓愛德與古利德的戰鬥出現轉機。沒想到此時金格‧布拉德雷突然率領國軍衝進來，要殲滅古利德一夥人。古利德原本打算帶著阿爾逃走，結果卻遭到金格‧布拉德雷的阻擋，並對身為人造人的古利德展開壓倒性猛攻。在戰鬥當中，古利德從布拉德雷眼中看到無法置信的東西。

當斯卡與尤基正準備去中央時，神秘少女「梅」出現在他們面前。能使出「鍊丹術」這種不可思議法術的她，自稱是來自東方的大國‧清國，來亞美斯多利斯的目的則為了尋找長生不老的方法。另一方面，到拉修巴雷修理機械鎧的愛德與阿爾，認識一名倒在路上的少年‧麟。他也是清國人，目的是為了得到賢者之石。對麟打聽關於賢者之石的事，愛德謊稱「什麼都不知道」。但緊接著兩兄弟背後突然被人持刀抵住。

羅伊與巴利接觸後，對休斯遭到殺害的真相已有頭緒，一連串行動不久也被人造人們發現。此時，與溫莉一起來中央找休斯的愛德與阿爾，卻從在軍部見到的瑪麗亞‧羅斯、告知休斯已死的震驚事實。殊不知溫莉已先行往休斯家去…。

羅斯被當成殺害休斯的嫌犯，遭到軍方拘禁。眼看羅斯的處境越來越不利，沒想到巴利卻在此時襲擊了拘留所，剛好也把關在該處的麟一併救出。在軍方下令格殺勿論的緝捕令後，愛德與阿爾為探求事件真相而前往中央司令部。沒想到羅伊已早先一步出現在羅斯面前，並朝著她發出火焰閃光。

由於羅伊的命令，留下阿爾在中央，愛德則與阿姆斯壯一起前往利塞布爾。沒想到抵達不久就在普雷達的安排下，秘密前往傳說中的王都‧澤克西斯的遺跡。愛德經一番努力才越過大沙漠，並在該處與老胡重逢。愛德一行人在他帶領下前往遺跡的內部，沒想到卻意外地遇見了某個人。

羅伊對人造人策劃的作戰，即將進入最後關頭。巴利追尋自己的肉體而潛入第三研究所的地下，羅伊也與哈博克、阿爾等人一起進入，並分成兩路前進。哈博克與羅伊卻遭遭遇打算來收拾他們的拉斯多，此時才得知人造人的真實身分與祕密。羅伊雖感到困惑，最後仍成功掌握一絲機會引起大爆炸，拉斯多則灰飛煙滅。但在賢者之石驚人力量的加持下，復活的拉斯多瞬間用矛銳利地貫穿哈博克與羅伊的身體。

愛德與阿爾的父親霍恩海姆，回到久違的利塞布爾。但愛德因不滿他讓母親朵莉夏受苦，而對他也相當不客氣。霍恩海姆得知愛德兩兄弟曾做過人體鍊成後，以疑問的口氣說「那真的是朵莉夏嗎？」。隔天，霍恩海姆離開村子後，愛德與比拿可前往老家的殘跡之處。目的是為了挖出自己所埋葬的罪孽證據－由人體鍊成做出的母親遺體。

愛德與阿爾到醫院探訪在與拉斯多戰鬥而負傷住院的羅伊與哈博克，他們得知人造人的大本營居然也涵蓋了大總統官邸，這也對自己所面對之巨大存在感到寒顫。當兩兄弟正打算前往探尋人造人的秘密時，突然接到斯卡現身於中央的情報。

蘭芳遭布拉德雷砍傷，雖然麟即時趕到，但仍被布拉德雷與庫拉多尼逼到無路可走。另一方面，溫莉與葛蕾希亞一起去休斯墳前掃墓，在回程的路上得知愛德與阿爾正與斯卡戰鬥中。溫莉急忙趕到現場，沒想到卻湊巧聽到斯卡正是殺害自己雙親的犯人之事實。

為緝拿人造人，將傷心的溫莉交給軍方保護後，愛德與阿爾打算與斯卡再戰一場。羅伊與霍克愛也趕往現場支援愛德兩兄弟。此時，麟一邊抱著蘭芳，一邊設法躲過布拉德雷的猛烈攻勢。雖然麟勉強躲過眼前的危機，但仍無法甩掉奉布拉德雷之命前來追殺兩人的庫拉多尼。蘭芳認為自己拖累了麟，居然持刀朝自身…。

馬可被人造人帶回他們的大本營囚禁，他認為這些人造人打算犧牲所有亞美斯多利斯國民，藉以構築「國土鍊成陣」。另一方面，愛德、阿爾與麟雖設法阻止失控的庫拉多尼，但庫拉多尼能把所有東西吞下的能力，讓三人無計可施。在這場戰鬥中，麟又感覺到存在著某些異樣的氣息。

愛德被庫拉多尼吞了進去，回神過來才發現自己身處於一片漆黑、無止盡血海的不可思議空間。愛德雖在這裡遇見麟，但兩人仍找不到逃出去的方法，不久他們又遇到一起被吞進來的恩維。恩維告訴他們這是庫拉多尼的肚子裡，也是「父親大人」做失敗的真理之門，一旦進來就無法出去。

阿爾與小梅為去見父親大人，與庫拉多尼一起前往人造人的大本營。途中湊巧被出來找小梅的梅與斯卡撞見，梅與斯卡決定跟蹤他們一起潛入地下。另一方面，在庫拉多尼的肚子裡，恩維顯現出真正模樣與愛德、麟戰鬥。不過當愛德看到構成恩維身體的人們的模樣，居然猶豫而被打倒。眼見愛德就要被恩維吞下肚，意識朦朧的愛德這時突然想起澤克西斯的鍊成陣，想到從庫拉多尼肚子裡逃出去的方法。

某個村子正在舉辦祭典，霍恩海姆也在旁觀看。此時，一名年輕女子拿著酒來找他，她叫比拿可‧洛克貝爾。比拿可與霍恩海姆邊喝酒、邊談著這個國家的狀況與愛德兩兄弟的旅程。當酒酣耳熱之際，一名少女出現在霍恩海姆面前，接著又有一名長相酷似霍恩海姆的男子。他們身處的世界漸漸地產生扭曲…。

庫拉多尼帶領阿爾與小梅來到了父親大人的所在處。那時庫拉多尼的肚子突然裂開，愛德、麟、恩維從中冒了出來。兩兄弟雖對重逢感到高興，但隨即被父親大人的長相給嚇到，因為他居然跟兩兄弟的父親‧霍恩海姆長得極為相似。父親大人雖善待兩兄弟，卻下令人造人殺了麟。兩兄弟試圖反抗，仍因父親大人不可思議的力量而無法使出鍊金術，與麟一起遭到制服。接著父親大人又說「古利德的位子還是空著的」，然後從體內取出賢者之石接近麟。

被恩維等人抓到的愛德與阿爾，在父親大人的指示下移交給中央司令部的布拉德雷。愛德兩兄弟進入房間後看到羅伊已經坐在房內，並從羅伊口中得知包含霍克愛在內的羅伊所有部下都被調職，以及軍方高層早已落入敵人的手中。愛德向布拉德雷表示，他不想成為父親大人計劃的幫兇，打算歸還國家鍊金術師的資格…。

愛德為歸還借來的槍，因此到霍克愛的公寓找她，也坦承自己在戰鬥中不敢開槍的事實。接著愛德又問了霍克愛是否曾感到槍很沉重，以及霍克愛奉命前往參加的伊修瓦爾殲滅戰所發生的事。就在同時，被關在中央司令部地底的馬可，正打算把軍部在伊修瓦爾所幹下的種種恐怖行為告訴斯卡。

愛德離開霍克愛那裡到街上與阿爾相遇。表示羅伊跟霍克愛在伊修瓦爾戰後活下來，正為「達成目的的未來」行動，讓他們也重新下決心要身體恢復原狀。愛德還對阿爾提及與父親大人戰鬥時，在地上也不能使用鍊金術。因看到當時鍊丹術仍發揮力量而感到一線曙光。為想瞭解鍊丹術、隔天早上兩人去探查梅的去向…。

古拉曼與羅伊在休斯的墳前密會，羅伊將事件的始末全都告訴古拉曼，希望得到他的協助。另一方面，愛德一直無法掌握梅的行蹤，此時阿姆斯壯前來告知梅他們已經往北方去了。愛德打算馬上出發去找他們，阿姆斯壯給了愛德一封親筆介紹信，並要他抵達北方後首先去找素有「布里克斯的北壁」之稱號的布里克斯要塞駐守將軍。此時，阿爾也遇到一名意外的人物…。