攻殼機動隊 P1 1~13

第 1 話「公安 9 課 SECTION-9」 外交大臣及其秘書、後援會長、兩名北美產業振興會客人被藝妓機器人拘為人質，久保回代表軍方表示要介入，與不願放權的警方發生爭執，最後此事交由9課處理。突擊救出人質後定位了病毒釋放者，博馬、巴特等人抓住嫌犯，但後者燒燬電子腦中的記憶。久保回告訴荒卷外交大臣的秘書是情報人員，正在調查大臣突然對「一之瀨報告書」感興趣一事，這是一份在非常時期生效的外交軍事計劃，認為她的死有隱情，9課介入調查。陀古薩發現大臣被換腦，對方利用大臣的軀體接觸到了那份報告書並準備逃往美國，在機場被及時攔截，大臣的電子腦也被取回。

第 2 話「暴走的證明 TESTATION」 巴特給自己的塔奇克馬使用天然機油。 播磨研究學園劍菱重工一台新型戰車在調試中失控，九課出動阻止。經調查得知同事根據戰車設計者之一加護武的遺願在他死後將大腦接入戰車，取代原先的AI，加護武由於天生體質差對父母有怨恨，由於宗教的原因他無法進行義體化，他認為死後精神擺脫了宗教的束縛便作出這一舉動，九課認為他是想向父母報仇。同時荒卷與劍菱高層進行交涉以獲得戰車的數據並得到應對方法，劍菱方面出於商業利益不願透露，荒卷指出若此戰車造成重大破壞，軍隊是不會採購它的，最終劍菱妥協，九課用他們提供的專用黏膠阻止了戰車前進，素子正要取出加護武的大腦時，加護武的父母突然出現，加護武似乎做出想要攻擊父母的行為，為防萬一。素子燒燬了他的大腦，但在向它注入病毒的瞬間，素子感到加護武的大腦處在複雜的情緒下，有成長、驕傲、和類似想給父母呈現自己鋼鐵身體的感覺而不是單純的想要復仇，只是這已無法再獲悉了。

第 3 話「小小的叛亂 ANDROID AND I」 發生同一型號的機器人相繼自殺事件，調查發現是因為病毒的緣故所造成，九課依據病毒內所留下的線索追緝凶手。

第 4 話「視覺裝置在笑著 INTERCEPTER」 某個下雨的夜晚，德古沙任職於總廳時的舊友山口，為「笑面男事件特別搜查本部」的成員，發覺警察內部有不尋常的舉動，便與德古沙聯絡，希望找他商量這件事，但山口卻在開車前往德古沙所在的途中，死於離奇車禍，德古沙於報紙上得知消息，感到此事可能不尋常，便前往參加山口的悼祭，希望能得到點蛛絲馬跡，後來從山口的妻子手中拿到一份山口死前寄回家的包裹，裡面只有一疊看似無關的照片，德古沙調查後發現這些照片的古怪之處，原來這些照片都是由一種稱為「攔截者」的裝置所拍攝，為一種設置於眼球內的隱密型攝影機，這種裝置的植入需被植入者的同意，但警察內部卻不當使用，未經當事人同意，便擅自將特別搜查部的相關職員在進行身體檢查時，偷偷植入攔截者，為了不讓事情被秘密掩蓋掉，素子故意將情報洩漏給媒體，後來因為媒體的批露，引起社會極大的震憾，警視總監為此舉行了說明記者會，但為了掩蓋這件事背後更大的陰謀，總監在私底下又做了其它的安排，在記者會途中，消失六年的「笑面男」再次以驚人的手法出現，並宣告了警視總監的暗殺預告，為此，沉寂六年的「笑面男事件」再度浮上臺面。

第 5 話「誘餌鳥在歌唱 DECOY」 荒卷課長猜測記者會上發生的事為警方自導自演，為了得到證據，九課針對目前笑面事件特別搜查部所鎖定的重點人物「七尾」，重新進行調查，另一方面，素子因為六年前在笑面男事件時期，不在國內，所以對此事件的瞭解並不深入，為此素子重新讀閱當時的相關記錄及報導。

第 6 話「模仿者在跳舞 MEME」 當巴特與德古沙衝入七尾所在房間後，發現原來打從一開始七尾就不在那裡，那不過是用來發送病毒的中繼站，巴特得知病毒的發送源後，立即與德古沙前往追捕，而此時，七尾卻在病毒發送源的所在地好以整暇的等待被緝捕，但在巴特他們前來之前，另一名男子卻進入了七尾的房間，並槍殺了七尾，巴特他們來到現場時已晚了一步，七尾這條線索便這樣斷了。 而在警視總監所在會場，因為總監的其中一名護衛感染了七尾所發送的病毒，而發作襲擊總監，但被素子成功制止，其後素子護送總監離開，但護送過程中不斷發生對總監的襲擊事件，所幸最後還是成功安全護送總監離開，於其後對襲擊總監的相關犯人進行盤問，卻發現除了一開始的護衛是因感染病毒而襲擊總監外，其餘犯人卻都是自發性的個別行為，並無被入侵、感染的跡像，案情依舊陷入膠著。

第 13 話「≠恐怖份子 NOT EQUAL」 16年前被極端團體興國旅團綁架的戶久良電子公司社長之女重新出現，海上保安廳在距沖繩島200海里的一個廢棄的海上工廠中發現了她與一群興國旅團成員在一起，相貌非常接近當年，DNA結果也符合本人。但不久先遣偵查的SST成員與基地失去聯繫。九課奉命調查。 素子、德古沙，巴特、齊藤分成兩組潛入，九課的支援飛機也在不遠處盤旋。 平台甲板上竟十分熱鬧，因為附近的船員將它當作貿易集散地，巴特、齊藤循GPS信號找到了一名倖存者，但他精神受到了很大刺激，巴特認為這也許與他曾與對象女孩有過電子腦連接有關，倖存者說女孩成了領袖。另一面，素子、德古沙找到了女孩，她正在與一名老太太爭吵，素子欲接入女孩的電子腦，卻發現她沒有電子腦，進而得知她不是戶久良小姐。此時興國旅團發現了入侵者開始反攻，激烈戰鬥隨即打響，九課增援趕來順利完成突圍。在飛機上人們發現那個女孩是戶久良小姐的女兒，而26歲的小姐卻因為長年的殘酷經歷急速衰老，那名SST成員就是讀取了對象電子腦後因為無法忍受而精神失常。

第 8 話「得天獨厚的人們 MISSING HEARTS」 發生進行義體化手術後的病患其原器官被偷偷轉賣的事件，九課懷疑與在地下通路販賣電子腦裝置及器官的海外黑幫有關，因而進行調查，當調查至當時負責此案件但後來發生意外而住院的刑警，遇上兩名行跡可疑的男子出現在刑警病房，兩名男子見狀立即與另一位同伴會合逃逸，九課成功緝捕後，發現原來犯人為新濱醫科齒科大學的學生，犯人將進行義體化手術後取出的器官，未經原擁有者同意，擅自重貼器官儲存瓶上的標籤後，將其非法販賣牟利。

第 9 話「棲息在網路暗處的男人 CHAT! CHAT! CHAT!」 素子為了尋找笑面男的相關情報，而參加了一個名為笑面男聊天室的網路聊天室。討論中，參與討論的成員「貝比魯斯」，在暗殺警視總監行動的當時，正在侵入現場的網路，之後並在網路上找到由七尾親手竄改並以七尾為名的認證伺服器，從中發現到殘留了好幾個模擬過的計劃，例如再度恐嚇大型微機械企業、或鎖定改造人食品企業之類的計劃，但所有計劃都有一個共通點，計劃的成功關鍵都在於遲效性分割型病毒，但暗殺警視總監，卻不在原先的計劃中，貝比魯斯更大膽推測，這全是警方自導自演，但當時出現在暗殺現場的攻性防壁卻與警方佈設的不同，未曾見過，推測這個攻性防壁是笑面男佈下的。之後素子從貝比魯斯的手中得到暗殺總監當時攻擊素子替身防壁的攻性防壁。

第 10 話「適合在密林航路的日子 JUNGLE CRUISE」 發生連續多起殘忍的凶殺案，被害者的上半身皮膚都被以T恤形狀剝離，根據「美利堅帝國」CIA 所提供的情報，前美帝海軍中士「馬可．亞莫雷迪」涉嫌重大。對於這次事件，CIA 特別要求秘密逮捕並無條件引渡犯人，並派了「佐藤鈴木」、「渡邊田中」兩名專員過來協助調查，九課於調查中發現一個與此事件相關的「落日計劃」，在先前的大戰中，為使敵國喪失作戰意志，由 CIA 所想出的作戰計劃，計劃內容為先讓工作人員潛入敵方，與當地人熟悉之後，再用盡所有可能的殘酷手法，殺害女人和小孩。此外還發現 CIA 其實並不打算引渡犯人回去，而是要藉由意外，讓犯人死於逮捕的行動中。其後由佐藤鈴木所提供的意見，發現犯人是以下水道作為移動途徑，以此線索展開搜查，最後活捉了犯人，交還 CIA。

第 11 話「在若蟲的森林中 PORTRAITZ」 厚生省的資料庫遭到駭客入侵，其中甚至被竊取了 A 級機密以上的資料，但厚生省卻反常的對此事件冷處理，當做沒發生過，而入侵的來源為隔離重度電子腦自閉症患者的職業訓練機構，但此機構內的線路是對外隔離的，種種不尋常的跡象，使九課決定派德古沙扮成研究生潛入機構內調查，進入機構內後，德古沙被所長瑪爾達指派照顧一位坐輪椅的少年葵，在潛入期間聽聞關於團長的事情，但卻得不到任何情報。在德古沙使用地下纜線對外聯絡時，發現有人曾經使用過相同的線路，在配線箱的蓋子上還留有一段文字「I thought what I'd do was. I'd pretend I was one of those deaf-mutes or should I?」。其後潛入所長室，但卻被所長發現，並遭到攻擊，而被打昏在地，素子及巴特立即趕往救援，但當素子趕到德古沙遭受攻擊的現場，卻沒有發現攻擊的痕跡。事後調查關於葵的情報，卻一無所獲，德古沙想用素描的方式畫出葵的臉，卻因被更改過記憶，而畫出笑面男的圖樣。

第 12 話「攻殼車離家出走・電影導演的夢 ESCAPE FROM」 受到巴特特別照顧，使用天然潤滑油的攻殼車，在例行的記憶同步作業後，卻仍然保有自我意識，並離開九課跑到大街上，在一條巷子內遇到一名正在尋找走失小狗「洛基」的小女孩美樹，之後並與她一起前往「海見丘公園」，途中經過一個市場，攻殼車在那意外發現一個電子腦裝置，裡面居然還有靈魂。海見丘公園裡有一座洛基的墓，原來美樹早已知道洛基已經死亡，只是假裝不知道，而每天尋找著。

第 7 話「偶像崇拝 IDOLATER」 捷諾馬的民主革命指導者、不死的英雄、南美的毒品大王""馬賽羅‧賈提"" 近五年來頻繁出入日本境內，但負責相關事務的外事第一課無法掌握馬賽羅在日內境內的大部分活動，因此請求九課調查馬賽羅頻繁出入境內的原因。九課於新濱郊外山區附近追查到馬賽羅的行蹤，九課前往該處捉捕馬賽羅，但卻遭到多位馬賽羅的襲擊，於制服多位馬賽羅後，最後發現馬賽羅於此處以靈魂複製裝置進行靈魂複製，來量產馬賽羅替身，但本人早已死亡，為了讓世人相信馬賽羅還活在世上，替身的個體間就不能出現差異，以避免被人發覺，因此馬賽羅每隔一段時間便會來到日本進行記憶同步。