你好，我的大夫

航班上乘客心臟病發，中醫師辜清勁出手相救。程嘉應晉升為公型中醫診所的中醫服務主任，要負責聘請新一屆進修中醫師；怎料在面試日重遇前男友清勁…… 清勁小時候患有哮喘，向嘉應之父程安生求診。兩人從小認識，曾發展成情侶……後來，清勁離港義診。面試時，兩人因對中醫價值觀不同而唇槍舌劍。一名等候中的應徵者突然癲癇發作，應徵者中只有袁絲絲、路遠志和唐韶光主動上前協助。清勁要施針急救，嘉應阻止清勁……

嘉應翻查疑似騙藥材的患者病歷時發現有異，到其工作地點勸他就醫，竟再遇清勁……清勁希望與嘉應重拾友誼，嘉應拒絕，稱兩人已是陌生人。清勁、遠志、絲絲和韶光成為新一屆進修中醫師，被分派到不同崗位。清勁被分派到登記處，卻不認同中心的規矩；絲絲對在藥房做打雜大感不滿，私下與被派至治療室的韶光對調工作。清勁跟診時向病人解釋病情，嘉應卻指他剝削其他病人看診時間。清勁質疑嘉應所開的藥方過於謹慎，兩人再爆發口角……

清勁私下開危險藥材予病人，並為其煎藥，嘉應不滿清勁擅自更改藥方，兩人再發生口角……清勁和韶光跟診，嘉應著二人診斷病況，兩人回答不同，嘉應判斷與清勁相同。韶光不解，與絲絲討論，並向清勁請教。惟清勁不直接給予答案，絲絲不滿其態度。面癱小童張穎芯不願進行針灸，得清勁耐心安慰才願意接受治療。絲絲偷偷在外兼職中醫被遠志發現，其間她不小心跌傷尾龍骨……穎芯某次覆診遇上嘉應，清勁只好硬著頭皮提出跟診要求。

穎芯之母想穎芯接受外展治療，嘉應指服務不適用於穎芯。嘉應知清勁必定私下醫穎芯，默許此事。穎芯的父母因穎芯面癱之事爭吵，穎芯失控尖叫。穎芯面癱情況惡化，其父到中心投訴。中心經理伍永霖決定息事寧人，嘉應警告清勁不要自把自為。路玉麟和林杏湖兩大名醫是遠志的祖父母，遠志卻騙二人，稱自己在廣州讀中醫碩士；絲絲因跌傷尾龍骨到路林醫館求醫，玉麟要遠志為絲絲正骨……嘉應、清勁一同見穎芯，發現其面癱情況嚴重……

絲絲、遠志到醫院中西協作病房幫忙，惟他們只需向病人收費和起針，絲絲有感未能一展所長。絲絲為病人起針，發現少了兩支針…… 兩人遇上韶光之父唐澤明，他是醫院護士長，言談間更諷刺中醫於醫療界地位低下。清勁、嘉應發現穎芯走失的鸚鵡，通知穎芯一家接回，怎料鸚鵡受驚飛走。穎芯父母再吵架，穎芯哭著請二人停止，嘉應指兩人爭吵正是穎芯面癱好不起來的原因。嘉應想起童年時，因她想幫清勁外婆田雪娟還錢，導致父母天天爭吵……

第三年進修中醫師彭晴望遇上毒癮少女麥寶，麥寶不願看診，更將自己鎖在天台。晴望看穿麥寶窘境，為她準備了一套乾淨衣服。遠志和韶光發現絲絲私下替非中西協作病房的昏迷病人施針。清勁的師父段戰華來港開講座，嘉應與清勁到場幫忙…… 嘉應謙虛向戰華請教脈診，戰華要清勁教嘉應。嘉應接受清勁教學，兩人關係漸漸緩和。遠志和絲絲為昏迷病人針灸時意外被撞破，澤明當眾發難指責他們私自進行治療時，病人突然恢復意識……

眾人害怕被嘉應追究責任，未料她只是提醒下星期是出科試，不合格者不能開診。遠志在路林醫館，遇上絲絲之母求醫。嘉應繼續接受清勁的脈診訓練，兩人因相處牽引舊情…… 清勁回想當年嘉應曾提及後悔讀中醫，自責阻礙其前路。韶光出科試失敗，澤明得知後憂心其將來，希望她換跑道；嘉應的師兄張鐫祺出現，以自身做例子証明中醫有錢途。澤明要求韶光補考合格，否則要辭職轉行。嘉應著韶光思考中醫可會適合她，清勁更覺嘉應後悔讀中醫。

韶光終通過補考，她為了不依靠家人，決定搬離澤明的單位，遠志提議韶光與絲絲暫租住青年旅舍。麥寶覆診但態度不合作，晴望誤會她惡習未除，麥寶受屈離去…… 清勁收到病人指名預約更獲升職，晴望因而失去升職名額。清勁提出拒絕升職，卻被嘉應指稱離地。永霖要嘉應加開一科中西協作病房，有機會讓晴望留任。嘉應、清勁與新中西協作負責西醫開會，對方提出各種限制中醫治療的規矩。清勁偶遇生父成家傑；嘉應發現女病人關穎璇企跳……

嘉應為救人墮樓，留院觀察。嘉應、清勁在醫院梯間發現痙攣發作的穎璇。絲絲意外得知遠志追求自由，向家人訛稱在廣州讀碩士。遠志請求絲絲不要揭穿他，絲絲同意守密。嘉應和清勁勸服穎璇接受中西醫協作治療，以控制痙攣病情。遠志告訴絲絲，她的母親曾因腳傷到路林醫館治病，更指其母可能患上柏金遜症。絲絲發現母親為替她賺學費，身兼數職導至頸部勞損，內疚自己太專注工作而忽略家人……遠志安慰絲絲要愛得及時，絲絲感悟。

絲絲決定搬回老家。清勁為穎璇診症，嘉應懷疑穎璇腦內有血管瘤，提議西醫成子謙為穎璇照MRI，子謙指責嘉應越界。嘉應行為反常，清勁找鐫祺打探原因。嘉應向清勁說出當年幫不到好友令她很後悔，更質疑自己不是一個好中醫。穎璇確診腦內有血管瘤，但位置接近腦幹而不能動手術切除。嘉應感嘆穎璇和當年好友病情一樣，害怕醫不好穎璇，清勁鼓勵指嘉應已和當年不一樣。幾經努力，清勁和嘉應終找到醫治穎璇的方向，但遭到西醫的阻止。

穎璇肝酵素飆升，未有證據顯示與中藥有關，惟所有中西協作項目被暫停。嘉應和清勁探望穎璇，遇上其主診醫生方奕菲…… 家傑認出清勁是其兒子，憶起當年往事…… 醫院召開會議，奕菲要求涉事中醫引咎辭職。嘉應有感於現行西醫主導下的體制內，中醫無力反抗，決心辭職。韶光、絲絲和遠志從澤明口中得知穎璇肝酵素飆升或與西藥有關，想為中醫和嘉應討回公道，怎料奕菲無意澄清。眾人越想越不服氣，決定一同辭職。

眾人辭職，但發現前路茫茫……嘉應、清勁和晴望決定一起開中醫診所，絲絲、遠志和韶光也決定入股，六人開辦「六君子」中醫館。清勁遇上當年在泰緬義診時教過針灸的青年班漢，班漢是中醫學生，因崇拜清勁而加入醫館幫忙；醫館順利開張。 麥寶毒癮發作找上醫館，絲絲問診，麥寶卻擺出不願合作的態度，被絲絲數落一番。麥寶不堪受辱奪門而出，及後遇上尋她多時的晴望，晴望向麥寶保證這次一定會幫她。麥寶被晴望言行感動，終相信他。

晴望讓麥寶暫住青年旅舍，眾人親切，麥寶感窩心。醫館生意不似預期，絲絲提議拍片作網上宣傳，但成效一般。嘉應建議絲絲三人與晴望一同為志願機構作青年戒毒治療，吸毒青年的出現卻引起其他病人恐慌。晴望替麥寶作戒毒治療，又送盆栽，希望她堅持戒毒。嘉應提議將戒毒服務轉為外展，班漢大為激動，指責嘉應帶頭歧視戒毒人士。嘉應向清勁詢問班漢背景，清勁不想多說。嘉應主動找班漢道歉，得知他在泰緬的經歷，及清勁的醫者仁心……

嘉應為避雨留宿清勁家中，之後兩人關係變得曖昧。清勁藉工作約嘉應到二人當年交往曾去過的餐廳，嘉應暗自期待……名人衛迅賢邀清勁為他和其妻孫娜娜醫治不孕。絲絲勸遠志表明路家傳人身分以增加客源，遠志拒絕。王一宇與蘇敏嫣結婚多年，但敏嫣多次流產，希望嘉應為她醫治不孕。清勁感悟不是所有孩子都於父母期盼下出生。母親施玉玲質問嘉應，她可會是跟清勁復合，更道出當年嘉應的父親程安生，對清勁的母親辜曉瞳有所愧疚……

遠志以玉麟傳授的手法治療骨傷患者，風評甚佳。韶光向日本大師求學啪骨。嘉應為敏嫣調理身體，為人工受孕做準備。清勁為娜娜醫治不孕，但迅賢缺席…… 絲絲提出保障醫館建議，清勁認為醫師應將病人安危放於首位而非自保。麥寶因經痛致電晴望求助，晴望在醫院拋下母親韓紋希，趕至麥寶的院舍看望，麥寶心甜。娜娜與迅賢、敏嫣和一宇兩對夫婦分別成功成孕，四人滿心歡喜多謝清勁和嘉應。然而，數日後娜娜作小產，向清勁坦承曾流產……

迅賢責怪清勁護胎不力，娜娜感激清勁為她守密，在迅賢面前力保清勁…… 遠志以路林醫館招徠生意，被表姐辛之桃發現，她答應替遠志隱瞞。絲絲加入鐫祺的診所掛單。嘉應感冒發燒，清勁欲趕往照料，特意到鐫祺的診所拿取嘉應家鎖匙。鐫祺質問清勁以甚麼身分照顧嘉應，清勁指他會向嘉應親自交代…… 清勁帶粥到嘉應家，更向嘉應深情告白多年來的真心，但明白嘉應仍在病榻，讓嘉應不需立即給他回應。嘉應主動吻向清勁……

鐫祺看出嘉應、清勁尚未復合。清勁上門為娜娜安胎，遭迅賢不禮貌對待…… 清勁為娜娜苦思良策，嘉應為清勁舒緩情緒，氣氛曖昧。嘉應欲向清勁坦白秘密，未料娜娜來電求助。迅賢被拍到出軌證據；娜娜出現小產徵兆…… 娜娜、迅賢開直播，娜娜當眾指責迅賢出軌，眾人譁然。迅賢怪罪清勁，更發出律師信，令醫館口碑和生意一落千丈。鐫祺見嘉應為醫館生意煩惱，介紹嘉應到商場義診，又幫眾人推銷保健藥品，清勁見狀自慚形穢。

紋希找上醫館，要收回市值租金。紋希直指她有癌症，要求晴望離職陪伴，但晴望堅決不從。清勁為挽回業績，向鐫祺請教如何吸客。遠志決定向玉麟和杏湖說出真相，希望能以路家傳人的身分幫醫館增加業績…… 清勁意外從玉玲口中得知其母曾喝墮胎藥一事，無法接受母親的選擇，更指他不會容許親生骨肉受傷害。嘉應下定決心與清勁劃清界線，清勁不解。麥寶向晴望表白失敗，更被其出獄的父親強行擄走，晴望想追回麥寶，卻突然倒地不起。

遠志將搬回家，絲絲勸他不要為義氣犧牲親情。杏湖到訪醫館，見光顧的客人竟都是來瘦身、追星，對遠志感失望。晴望接麥寶出院，麥寶指責晴望失約令她遭遇事故。嘉應不忍清勁為保醫館改變其行醫原則，清勁卻不願放棄醫館和嘉應。清勁在泰緬義診的舊照片中意外瞥見嘉應身影，藉詞要向嘉應拿回當年遺下的醫書。嘉應不疑讓他自行拿走，不料連錄音機也被取走。嘉應欲阻止清勁收聽當中錄音，但來遲一步，清勁終於知悉她一直隱藏的秘密。

清勁夢見他沒去義診，與嘉應組成幸福家庭，醒來後悔不已。晴望為令麥寶重拾對人生的希望，辭去醫師工作陪伴她，兩人愉快約會。麥寶得知她的照片沒有外流，並一直明白晴望的好意。麥寶偷吻晴望後，作最後告白……眾人得悉晴望近日反常的原因，決定裝作不知情。紋希同意讓晴望回醫館應診；晴望堅持工作，與大家歡笑玩鬧。晴望重回與麥寶約會之地，實現兩人的承諾……眾人投暗票決定醫館的未來，最終以大比數解散醫館。

醫館結業，鐫祺向嘉應表白多年愛慕之情。遠志回歸路林醫館；韶光和絲絲轉投鐫祺的診所工作，韶光更因啪骨有成，業績比絲絲好。嘉應回教研中心任職高級中醫師；清勁選擇當遊牧中醫，日間駕著電單車到處看病，晚上則義診。鐫祺對絲絲的業績感失望，絲絲感壓力。嘉應到公立醫院中西醫協作中風復康病房工作，澤明帶來一位新病人，嘉應細閱病歷後認為病情適合中醫治療，正式接收病人診治，未料及後遇上病人心臟病猝死……

嘉應就病人猝死接受調查，暫時被停職。嘉應向清勁說出心底話，箇中包括身為中醫師卻不被社會信任及被質疑。清勁有感而發，請戰華幫忙成立非牟利中醫機構，更透過班漢邀請嘉應一同義診。遠志由玉麟和杏湖陪診，但遠志的表現令兩老失望。遠志向絲絲與韶光吐苦水。遠志和絲絲酩酊大醉，情愫流轉……嘉應於義診期間見到貧苦小市民的疾苦。雪娟發生意外昏迷不醒，清勁想為她施針，但因程序問題被醫院拒絕，清勁頓感無力，幸得嘉應鼓勵。

遠志、韶光喝醉的醜態被班漢偷拍上傳群組，絲絲見兩人親密照感妒忌…… 清勁、嘉應和戰華商討雪娟病情，清勁得知只有在休假中的家傑，有能力為雪娟做手術。遠志發現玉麟患上柏金遜症…… 清勁求家傑為雪娟做手術，卻被拒絕。嘉應察覺家傑有異常；清勁猜出家傑因頭暈目眩而不敢動手術，請求家傑給他一個機會證明中醫學的成效，家傑勉強答應。絲絲出任濕診大師的針灸助理，意外發現他使用類固醇針。絲絲向鐫祺報告，鐫祺卻要她守秘！

絲絲發現遠志與韶光行為鬼祟，頓時醋意大發…… 清勁替家傑醫好怪病，不料雪娟身體對麻醉藥過敏。清勁等提出以針刺麻醉做手術，但被家傑一口拒絕。絲絲見病童因類固醇針而產生強烈後遺症，頓感不安…… 清勁邀請眾人一同參與由他創建的非牟利中醫機構。清勁為雪娟爭取針麻手術，但中西醫協作手術的會議突然被取消，原來有記者抹黑嘉應，更翻出安生行山中風身亡之事大造文章，令嘉應陷入無力與自責，身體也出現毛病……

死因聆訊當日，清勁到嘉應家，竟發現她昏睡不醒…… 玉麟和杏湖發現遠志壓力過大，憶起當年遠志之父因不想承繼醫館而離家出走。兩老如今想放遠志自由，遠志大驚；遠志及後醒悟傳承路林醫館的方法，懇求杏湖和玉麟再給他一次機會，兩老首肯。清勁從嘉應的錄音了解到她一直承受的壓力與痛苦，清勁帶嘉應到安生行山出事地點，要她面對心結…… 嘉應出席死因庭聆訊，家屬猛烈指責，情況對嘉應不利，嘉應選擇親自盤問證人……