名偵探柯南

寵物店老闆遇害，唯一線索是這家寵物店出售非季節性的甲蟲，引起柯南懷疑，他帶著一批小將前往群馬昆蟲博物館，碰巧博物館遺失一批甲蟲，於是柯南循著這個線索，終於找出真兇，並且推測出被害人真正的死亡時間。

小蘭馬上要到學校值日，但由於校園連續發生靈異事件，只好請柯南到學校幫她查清事實真相。靈異事件的矛頭都指向兩年前在學校樓梯失足身亡的英彰，柯南鎖定製造靈異事件的嫌犯是跟英彰相熟的幾個同學，究竟誰是真正的幕後黑手呢？

校園連續發生靈異事件，只好請柯南到學校幫忙調查事實真相。柯南將靈異事件製造者的矛頭指向與兩年前意外身亡的英彰熟悉的三個學長。

大清早的命案現場，警方打算以意外結案，柯南卻發現一些疑點，他堅信死者是被人殺害的。

一對雙胞胎兄弟同時死亡，一個意外墜樓的時候，另一個卻在自己家中被殺。偏偏有兩名女性被牽扯在命案中，一個是雙胞胎弟弟的遺孀，一個是與他們夙不認識，卻在雙胞胎哥哥墜樓前，遭到他襲擊的女性，到底真相如何呢？

兩個死者加上三個關係人物，彼此間錯綜複雜的關係，模糊了兇手的面貌。當柯南除掉與命案無關的加奈子之後，事情隨即變得清楚了。

阿笠博士帶著大家去海釣，結果在海邊認識一群釣客。受到潮汐的影響，大家忙了半天都沒有收穫，正想打道回府，結果那群釣客中有一個叔叔昏迷了，所有人都嚇了一跳，到底是意外還是被人陷害？柯南心中出現了疑團。

江尻中了神經毒被送到醫院去了，柯南把嫌犯的矛頭指向釣魚時分坐江尻左右的白根跟金谷兩人。

柯南和園子，小蘭去狂吃蛋糕，偏偏蛋糕店發生命案，三名蛋糕師傅都有嫌疑，大家都把矛頭指向別人。經過柯南抽絲剝繭，終於找到一把藏在巧克力蛋糕裡的木頭，這塊木頭就是凶器。

大和田醫生是個好好先生，偏偏被人到處散佈謠言，說他經常中到大獎，這個人甚至自己買獎品，讓大和田醫生抽中，柯南發現這件事非常可疑。

元太等三個小朋友迷上電玩，在人家公司外流連，元太突然想上廁所，結果誤打誤撞撿了未上市的軟體光碟回家，偏偏這張光碟裡存的是光碟公司老闆的犯罪紀錄，於是立刻出現好幾個人拚命尋找他們三人，甚至想置他們於死地，到底他們要怎麼化解這場危機呢？

毛利先生受邀到沖繩上電視，柯南和小蘭也跟著他去，沒想到剛到沖繩便發現，原本要跟毛利先生在電視節目中對談的棒球選手能勢被人刺死在路邊，到底怎麼回事呢？

柯南雖然認定本山就是兇手，只可惜一直找不到直接證據，直到發現本山鬼鬼祟祟一直想找小蘭的網球筒...

柯南等幾人再郊外發現有幾個人在給毒蜘蛛拍照，過了不久，這幾個人從電話中得知專門研究毒蜘蛛的新野教授，在他的研究室被毒蜘蛛刺中，而且找不到解毒的血清，等大家趕過去時，教授已經死了。

柯南等人和阿笠博士上山看星，才剛到就發現森林裡有具死亡多時的骸骨，偏偏他們幾人下榻的旅館裡，有個醉醺醺的女人不斷吵著要找她老公，而她老公正好一年前在此失了蹤。

河埜麻雄的命案還沒偵破，森林裡又出現第二具屍體，兇手到底是旅館裡的哪個人呢？柯南和幾個小朋友在旅館裡到處尋找凶器，最後終於從其中一名住客的姓名中找到線索。

柯南和大家一起去露營，在露營場和人爭地盤，又看見一對情侶爭吵，最後甚至眼睜睜看著小蘭被人擄走。歹徒留下的一通簡訊，指出小蘭在下午3點必死，但小蘭到底被藏到哪裡去了呢？

柯南他們利用週末假日，到桃太郎的故鄉─岡山縣展開考古之旅，一到岡山縣，就認識了在當地長大的幾個年輕人，但是當天，其中有個女的被人殺了，唯一留下的線索是15年前，這幾個人還在讀小學時，曾經將自己的心事留在時光保存罐中，大家互相交換收藏，柯南已經找到其中一半，但另外一半到底在哪裡呢？

警方雖然將殺害聖子的兇手鎖定猿渡和鬼貫兩人，不過柯南隱約覺得事有蹊蹺，

毛利偵探帶著小蘭和柯南到深山的溫泉旅館渡假，在此巧遇一班來此研究新劇的演員，歌手和作家，不久其中兩名女性被人殺死，現場卻一點痕跡都沒留下，大家懷疑是當地人供奉的和服神作祟。

柯南從死者遺失的一隻耳環，和雪地上腳印的深度，終於發現兇手的身分。

服部平次和遠山和葉來找柯南他們，這對情侶一個想趁假期看甲子園球賽，一個想看寶塚演出，最後決定用毛利叔叔受委託的一件兇殺案做賭注，誰先破案就聽誰的。這件命案的死者留下四塊積木，大家都認為積木上的字就是死者留下的死亡訊息，到底怎麼解讀這幾個字，成了破案關鍵。

社長留下來的死亡訊息，經過不斷推敲，終於被和葉想出是岩富創，誰知道高一尺，和葉的男友平次卻認為並非岩富，而是另一名職員？

和葉輸了推理王比賽，只好跟著大夥去看甲子園球賽的決賽。一到球場，柯南就撿到一支手機，手機的簡訊透露出有人將在球賽結束的一刻引炸彈自殺，於是柯南和平次到處找這個人，偏偏此人故佈疑陣，陸續讓他們找到第2和第3支手機，上面只顯示幾個數字，讓他們跟時間賽跑，絞盡腦汁思索這些數字的含意。

終於在延長賽即將結束前，終於被他們找出這個打算跟甲子園同歸於盡的惡魔。

終於在延長賽即將結束前，終於被他們找出這個打算跟甲子園同歸於盡的惡魔。

和葉輸了推理王比賽，只好跟著大夥去看甲子園球賽的決賽。一到球場，柯南就撿到一支手機，手機的簡訊透露出有人將在球賽結束的一刻引炸彈自殺，於是柯南和平次到處找這個人，偏偏此人故佈疑陣，陸續讓他們找到第2和第3支手機，上面只顯示幾個數字，讓他們跟時間賽跑，絞盡腦汁思索這些數字的含意。